היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, הורה למשטרה לפתוח בחקירה פלילית נגד שולמית אלוני, בחשד שביצעה עבירה פלילית בעת שקיימה פגישה עם יאסר ערפאת ברמאללה.
בהתאם להנחיית רובינשטיין, זומנה אלוני לחקירה משטרתית בירושלים. אלוני זומנה בטלפון, ולבקשתה היא קיבלה את הזימון גם בכתב.
אלוני קיימה את הפגישה ביום 7.1.02 יחד עם שני חברי כנסת: אחמד טיבי ומוחמד ברכה. גם נגדם הורה היועמ"ש לפתוח בחקירה פלילית, אולם זו התעכבה במשך חודשים, גם בשל זאת שחברי הכנסת סירבו להגיע לחקירה.
הפגישה עם ערפאת התקיימה בניגוד לשני צווים שהוציאו אלופי הפיקודים דרום ומרכז, שהכריזו על שטחי הרשות הפלשתינית כשטח צבאי סגור - נוכח פעילות צה"ל בשטח, ואסרו על אזרחי ישראל להיכנס למקום. אלוני חרגה גם ממדיניות הממשלה, שפעלה כדי לבודד את ערפאת ולכפות עליו הפסקת פעולות טרור.
היועמ"ש רובינשטיין הבהיר כבר בספטמבר 2001, כי "אי קבלת אישור האלוף, אשר בידיו מידע קונקרטי על המצב והסכנות בפועל ועל התרעות קיימות, עלול להעמיד את הנכנסים בפני סכנת חיים, ואין זו כיום אמירא גרידא. מעבר לכך, כניסה בלא אישור האלוף מהווה עבירה על החוק".
דובר משרד המשפטים מסר את התגובה הבאה:
בתאריך 9.1.02 נכנסה גב' אלוני לרמאללה יחד עם שני חברי כנסת, ונפגשה שם עם יאסר ערפאת. מבדיקת המשטרה עלה, כי לכניסה זו לשטחי הרשות הפלשתינית לא נתקבל אשור הנדרש על-פי הכרזת מפקד כוחות צה"ל באזור, מחודש אוקטובר 2000 [הכרזה בדבר סגירת שטח (איסור כניסה ושהייה)(ישראלים)(אזור A)]. נוכח האמור עלה חשד לביצוע עבירה של הפרת הוראה חוקית לפי סעיף 287 לחוק העונשין, ולפיכך זומנה הגב' אלוני לחקירה (כפי שמוזמן כל אדם הנחשד בעבירה).
שולמית אלוני אמרה בראיון לרשת ב', כי בעת שנפגשה עם ערפאת ברמאללה, עיר זו לא היתה בשליטת צה"ל אלא רק במרס, ולכן לא היה איסור להיכנס לרמאללה. היא ציינה, כי אם היועץ רובינשטיין יזם בעצמו את זימונה לחקירה, הרי שהיא אינה מתפלאת, כיוון שהוא מפלה אותה לרעה ביחס לאחרים, שלא זומנו לחקירה - כמו עובדיה יוסף ואברכים שמקבלים הקצבות שלא כדין.
זימונה של אלוני לחקירה משטרתית-פלילית, זכה לתגובות משני צידה המפה הפוליטית: בימין מברכים על החקירה המשטרתית, נגד מי שמסומנת שפורעת חוק ומעניקה לגיטימציה וסיוע מוראלי לערפאת; בשמאל, לעומת זאת, מבקרים את רובינשטיין. ח"כ מוסי רז (מרצ), הנחשב אחד מבני טיפוחיה של אלוני, אמר כי החלטת רובינשטיין הינה פגיעה בחופש התנועה, והיא מחזירה אותנו לימים אפלים בהם היה אסור להיפגש עם פלשתינים.
