הוועדה לבדיקת מינויים בסקטור הציבורי, בראשה עומדת עו"ד טנה שפניץ, פוסלת למעשה את מינויו של יעקב אפרתי לתפקיד יושב-ראש רכבת ישראל, וזאת בשל חשד לשחיתות. הודעה על כך נמסרה לשרים שדחפו למינויו: שר האוצר רוני בר-און, מקורבו של אולמרט; ושר התחבורה שאול מופז. המכתב ששוגר אל השרים מנוסח בלשון המלצה, אולם עולה ממנו פסלותו של אפרתי לתפקיד.
אפרתי, מקורבו של ראש הממשלה, אהוד אולמרט, חשוד בקבלת החלטות באופן בלתי תקין ובלתי חוקי לכאורה, בפרויקט התיירותי אקווריה, וזאת יחד עם אולמרט, שעמד בראש מנהל מקרקעי ישראל (יושב-ראש). אפרתי כיהן אותה תקופה בתפקיד מנהל מינהל מקרקעי ישראל, ושימש כיד-ימינו של אולמרט. ככל הידוע, השר בר-און, שהינו אחד המקורבים ביותר לאולמרט, הגיש את מועמדותו של אפרתי בידיעה ברורה כי זה רצונו של אולמרט.
על-פי החשד, אולמרט ואפרתי פעלו יחדיו כדי לסייע ליזמים לקדם, שלא כדין, את פרויקט אקווריה הסמוך לאילת. השניים קיבלו החלטות בניגוד למינהל תקין, תוך חריגה מסמכותם ותוך ניגודי עניינים חמורים מצד אולמרט. יזמי הפרויקט - קבוצת רן פקר ושותפיו, קיבלו במסגרת זו הטבות באופן חריג ובלתי חוקי לכאורה. תחקיר בפרשה זו פורסם בעיתון גלובס על-ידי העיתונאי משה ליכטמן. בעקבות התחקיר פנתה תנועת אומ"ץ אל היועמ"ש ואל ועדת המינויים, בבקשה להורות על פתיחת חקירה משטרתית נגד אולמרט ואפרתי, ולפסול את מינויו של אפרתי ליו"ר הרכבת. גם התנועה לאיכות השלטון פנתה בדרישה דומה.
מבקר המדינה, השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס, בדק את ההחלטות שהתקבלו לגבי פרויקט זה. לפני מספר שבועות קיבלה הוועדה מהמבקר את טיוטת הדוח, שבו ניתן פירוט למעשיו החמורים של אפרתי.
הוועדה ביררה את הנושא, ובישיבתה מיום 8 באפריל החליטה להודיע לשר האוצר ולשר התחבורה על קיומה של טיוטת הדוח מצד המבקר, וכן "את העובדה שבטיוטא זו קיימת גם התייחסות לפעילותו של מר אפרתי".
בפנייתה אל השרים מפנה הוועדה את תשומת ליבם להלכה שנקבעה בבית המשפט העליון, ולפיה בעת מינוי מועמד למשרה בכירה, מחובת של כל אחד מהשרים "להפעיל את שיקול דעתו בנוגע למידת התאמתו של המועמד לתפקיד. מוטלת עליהם החובה לבחון על-פי מכלול האינפורמציה המצויה בידם...".
