ביום ראשון (22.6.08) יחל לפעול במזרח ירושלים קו חדש שמספרו 48. קו זה ייסע ממסוף הר הצופים לישיבת "בית אורות", שעל הר הזיתים, ובחזרה. מלבד שירות תחבורה משופר לישיבת בית אורות, יינתן בכך גם שירות לאוניברסיטה המורמונית ולאתרי התיירות החדשים באזור (עמק צורים).
קו 48 ייצא ממנהרת אוניברסיטת הר הצופים דרך שדרות שיירת הר הצופים, שמאלה לכיוון שדרות האוניברסיטה העברית (מנהרת מעלה אדומים) ימינה לרחוב יצחק הנדיב, ימינה לרחוב הדסה למפל, סיבוב בכיכר בית אורות, האוניברסיטה המורמונית, ימינה לרחוב מרטין בובר ויסיים במנהרת האוניברסיטה העברית. בשלב זה מדובר בתקופת הרצה עם ארבע נסיעות יומיות בשעות: 09:00, 13:30, 18:30 ו-23:30.
כמו כן, בשל עבודות הקמה של הרכבת יחולו שינויים במסלולי הקווים ממעלה אדומים, אבו גוש, מבשרת ציון, קריית יערים ומיישובי פרוזדור ירושלים, וקווים יסיימו את נסיעתם בבנייני האומה או בתחנה המרכזית.
בתוך כך, לחברת קווים אושר להפעיל קו קצר לתחנת הרכבת החדשה בקריית אריה. קו 46 ייסע החל מ-1 ביולי מתחנת קריית אריה, דרך פארק אזורים, גיסין, חרש, עמל, שנקר וז'בוטינסקי עד בילינסון. בכיוון השני יעבור הקו גם דרך רחוב הרב מלכה.
