הקשר ההדוק ביותר למכון הוא של חברת הוועדה, שמונתה בהמלצת לנגנטל, פרופ' אלה בלפר. בלפר היא חברת המועצה הציבורית של המכון לכינון חוקה בהסכמה, מועצה בה חבר גם לנגנטל. בין 1999 ל-2001 היא לקחה חלק ב-12 מפגשים במסגרת המכון שעניינם השסע היהודי-ערבי. בינואר 2002 השתתפה בערב בנושא דת ומדינה בהגות היהודית.במארס 2002 השתתפה בשולחן עגול בנושא תנועות חוץ-פרלמנטריות. בין 2002 ל-2007 היא פרסמה שלושה מאמרים בספרים שונים של המכון. בפברואר 2009 - כמה שבועות בלבד לפני שוועדת פרס ישראל קיבלה את החלטתה - התארחה פרופ' בלפר בכנס שערך המכון בקיסריה בנושא 'רבנות וריבונות'. עלות האירוח ללילה במלון מסתכמת בכ-1,300 שקלים. יושב-ראש ועדת ההיגוי של הכנס היה נחום לנגנטל. בסיום הכנס הודה נשיא המכון, ד"ר אריק כרמון, במלים חמות ללנגנטל על תרומתו.

לדברי פרופ' בלפר, היא אכן התארחה במלון על חשבון המכון הישראלי לדמוקרטיה, אך הסבירה בוועדת השופטים את הקשר שלה למכון ונקטה גילוי נאות.

חבר נוסף בוועדה, האלוף (במיל.) יאיר נוה, ידידו של נחום לנגנטל, השתתף כאמור אף הוא בכנס בקיסריה פחות מחודש לפני הענקת הפרס. "אם מזמינים אותי לבדיקת סי-טי בשיבא, זה אומר שאסור לי לבחור במישהו משיבא לפרס ישראל?", שאל השבוע. "אם אני הולך ברחוב ושומע שיר של יהודית רביץ, אז אסור לי לבחור בה לפרס ישראל? אם אני הולך לכנס של המכון לדמוקרטיה אז אסור לי לבחור בו? הבחירה במכון הייתה כמקובל פה אחד. דווקא אצלי המכון לא היה בעדיפות ראשונה", אמר.

לדבריו, הוא גם לא היה מחוייב בשל השתתפותו בכינוס בגילוי נאות. "תגידי, את בסדר? אם השתתפתי בשני כנסים אז אני מחויב בגילוי נאות? הסברתי לך שלא התארחתי במלון. אל תעצבני אותי על הבוקר. אני מציע שתפני עם השאלות שלך ליו"ר ועדת הפרס, הפרופסור יעקב פרנקל", אמר לכתבת מקור ראשון ריקי רט.
.
המכון הישראלי לדמוקרטיה אינו זר, מתברר, גם לפרופ' יעקב פרנקל. בשנה שעברה השתתף פרופ' פרנקל במסיבת יום הולדתו של נשיא המכון, ד"ר כרמון, שנערכה בביתו הפרטי של כרמון בסביון. ביקשנו לשאול את נגיד בנק ישראל לשעבר מה ההסתברות שארבעה מתוך ארבעה מעורבים בהענקת הפרס על מפעל חיים יהיו קשורים למוסד מחקר שמקבל אותו. פרנקל העדיף להשיב באמצעות משרד החינוך, כי אין לו כל קשר למכון הישראלי לדמוקרטיה או כל אינטרס אחר הקשור בו, וכי הקשר היחיד שלו למכון הוא כנסים בהם השתתף במסגרת תפקידו כנגיד בנק ישראל. על השאלה, האם נקט גילוי נאות לגבי ידידותו עם נשיא המכון, ד"ר כרמון, לא התקבלה תשובה.

במשרד החינוך דוחים את הטענות בתוקף. החלטות השופטים, מתעקשים שם השבוע, התקבלו על-פי הנהלים הקבועים בפרס ישראל ולא נבעו משיקולים זרים ובלתי עניינים.

מן המשרד נמסר בתגובה כי "פרס ישראל ניתן לזוכים על מפעל חיים ועל תרומתם הרבה לחברה. המכון הישראלי לדמוקרטיה זכה בפרס ישראל לאחר שחבר השופטים מצא, כי המכון מהווה כיום מוקד בעל השפעה מקצועית וציבורית בשיח החוקתי והדמוקרטי בישראל. המכון הותיר חותם בחקיקה, ברפורמות מבניות ברשות המבצעת וכן בתוכניות לימודים". מהמשרד נמסר עוד, כי מבירור שנערך מול חבר השופטים עולה, כי אין להם כל קשר למכון לדמוקרטיה והם השתתפו בכנס בקיסריה על תקן של מרצים בלבד.