לשכת שר הביטחון דחתה את הפרסום הבוקר (יום ד', 30.9.09) בעיתון ידיעות אחרונות, ומסרה כי שר הביטחון,
אהוד ברק, לא הציע מעולם להקים ועדת בדיקה לבחינת טענות דוח גולדסטון, שבראשה יעמוד נשיא ביהמ"ש העליון בדימוס
אהרן ברק. "השר ברק מתנגד לכל בדיקה כזאת... השר סומך על בדיקות צה"ל ומתנגד באופן עקבי, גם בפרשות קודמות, לכל חקירה חיצונית במקום חקירות צה"ל", נאמר בהודעת הלשכה.
השר ברק הסכים לפרט עם זאת מה היה חלקו של השופט ברק בעניין. לדבריו, עם פרסום דוח גולדסטון לפני כשבועיים, ובעקבות דיון לילי בלשכת ראש הממשלה, שוחח עם אהרן ברק, בניסיון לגייסו למאבק בדוח. בשיחה, היה זה השופט ברק שהעלה רעיון, ולפיו במידה שהוא יתבקש על-ידי הגורמים הנוגעים לדבר, יהיה מוכן לבחון את החקירות שנעשו על-ידי צה"ל, ובכך אולי יסייע למאבק בדוח. לאחר השיחה, עדכן השר ברק את ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, ומספר גורמים נוספים שלא פורט מיהם בדברי השופט ברק.
הממשלה תשקול: ועדת חקירה תבדוק את דוח גולדסטון ראש הממשלה נתניהו עשוי להביא לממשלה מחר הצעה למנות
ועדת חקירה שתבדוק את דוח גולדסטון. גורמים בכירים בירושלים אמרו כי הדוח מלא שקרים וסילופים וכי יש לחקור איך הגיע גולדסטון למסקנותיו.
שר הביטחון ברק סבור כי דוח גולדסטון הוא שקרי, מגמתי ומניפולטיבי, ההופך את היוצרות וגוזר גזירה שווה בין טרוריסטים צמאי-דם לבין קורבנותיהם המשתמשים בזכות ההגנה העצמית. ברק חזר על עמדתו זו בכל פגישותיו בימים האחרונים עם ראשי מדינות בארה"ב ובבריטניה.
הוא כינה אמש את הפעילות נגד קציני צה"ל "תאטרון אבסורד", ואמר כי יש לשים לה קץ כדי שלא לעודד את אנשי הטרור ולהעניק פרס למעשיהם הנפשעים. לדבריו, החלטת בית המשפט בלונדון לדחות את התביעה נגדו אינה מעלה ואינה מורידה. "לא נתנצל על מאבקנו בטרור", הדגיש ברק.
בית משפט בלונדון דחה על הסף את התביעה של ארגונים פרו-פלשתינים לעצור את שר הביטחון ברק המבקר בבריטניה, וקיבל את עמדת משרד החוץ בלונדון כי אין עילה למעצר. ברק החליט להשאר בלונדון אף שגורמים משפטיים בארץ המליצו לו לעזוב את בריטניה. משרד החוץ הבריטי שיגר מכתב לבית המשפט ובו נאמר כי לשר ברק יש חסינות. על-פי החוק הבריטי חסינות כזאת מוענקת רק לראשי ממשלות ולשרי חוץ, ולכן בירושלים אמרו כי אין מדובר בחסינות גורפת. ברק ימשיך בסדר היום שנקבע לו.
השר בנימין בן-אליעזר קרא להקמת צוות בין-משרדי להתמודדות עם תלונות שיוגשו נגד קצינים ישראלים בבתי משפט ברחבי העולם. "אסור להשלים עם התופעה שכל פלשתיני מגיש תלונה כראות עיניו, ויש לגייס את מיטב המוחות המשפטיים בישראל ובחוץ-לארץ להתמודדות עם העניין", אמר בן-אליעזר בכינוס של המכון הישראלי לייצוא.