הממונה על הביטחון בהנהלת בתי המשפט הוא איש שירות הביטחון הכללי, ולא איש אבטחה ו/או איש משטרה. כך טען ח"כ אופיר פינס (העבודה), בדיון שהתקיים בכנסת בנושא תקנות המרשם הפלילי ותקנת השבים. הממונה מקבל את שכרו מהנהלת בתי המשפט, אך הוא מונחה בפעולותיו על-ידי השב"כ.

על-פי דבריו של פינס, שירות הביטחון הכללי מצוי בנבכי מערכת המשפט. הטעם לכך: הניסיון להגן על מערכת המשפט מפני זליגת מידע ביטחוני הן לגורמים זרים, והן לשופטים ישראלים-ערבים שאינם זוכים לסיווג ביטחוני גבוה.

משמעות הדבר: מערכת בתי המשפט מתנהלת - ביחס לסוגיות בעייתיות מסויימות, תוך פיקוח צמוד של שירות הביטחון הכללי, למרות היותה מערכת אזרחית. עיקרון הפרדת הרשות השופטת מיתר הרשויות, נפגם. לשירות הביטחון ניתנת נגישות לתיקים ולעניינים סודיים ביותר, גם כאלה המוחזקים בצו איסור פרסום, וזאת בלא הרשאה המוסדרת בחוק.

דבריו המפתיעים של פינס נאמרו ביום 21.10.09 בישיבת ועדת החוקה חוק ומשפט, אגב חילופי דברים בינו לבין עו"ד גבריאלה פיסמן - שהגיעה לדיון כנציגת מחלקת יעוץ וחקיקה במשרד המשפטים. למרות זאת, לא ניתן להם ביטוי תקשורתי.

ח"כ פינס, שכיהן בעבר כיושב-ראש ועדת חוקה חוק ומשפט, מכיר נושא זה מקרוב. בשל זאת, באותו דיון הוא התבטא באופן נוקב ומתוך ידע אישי. פינס קובל על הכנסת השב"כ לנבכי מערכת המשפט - שהיא מערכת אזרחית בעיקרה - וטוען כי הדבר פסול ואינו תקין.

להערת עו"ד פיסמן לפיה הממונה על הביטחון בהנהלת בתי המשפט "לא קשור למערכת הביטחון", הגיב פינס ואמר לחברי הוועדה: "תאמינו לי שאתם לא יודעים"; "אל תלמדי אותי"; "אני יודע יותר ממה שאת חושבת ויותר ממך בהקשר הזה". "הוא קשור לגמרי". "אני לא רוצה את הפונקציונר"; "אני מבקש פונקציונר ניטראלי שהוא לא מוטה מערכת ביטחון", "למה כל דבר הולך לשב"כ".

בעקבות דבריו הנ"ל ממליצה הוועדה להעביר את סמכות הממונה על הביטחון בהנהלת בתי המשפט לידי מנהל בתי המשפט.

גילוי נוסף נוגע לבדיקה ביטחונית של מועמדים לכהונת שפיטה. ח"כ דוד רותם, המכהן כיושב-ראש ועדת החוקה חוק ומשפט של הכנסת, ובמקביל מכהן כחבר בוועדה לבחירת שופטים, אמר בדיון כי השב"כ בודק מועמדים לשפיטה. לדבריו, הנעשה בהתאם להחלטה בוועדה על סיווג ביטחוני הנדרש משופטים. ח"כ רותם ציין, כי טרם נקבע מהו "תפקיד מסווג" המחייב בדיקת המועמדים על-ידי השב"כ.