ויליאם ג'יי לין השלישי, סגן שר ההגנה האמריקני, הודיע על כוונתו להתפטר, ויישאר בתפקידו עד שליאון פאנטה, שר ההגנה החדש, ימנה לו סגן. לדברי לין, הודיע זאת לשר פאנטה עוד ביום שישי הקודם, ביומו הראשון של פאנטה בפנטגון.
לין סבור, כי השר פאנטה צריך למנות לעצמו סגן, שיכהן עד תום כהונתו הראשונה של הנשיא אובמה, בינואר 2013, והוא עצמו אינו מוכן להתחייב על כך, כיוון שהוא רוצה להתמסר יותר למשפחתו.
את לין עשויים להחליף מישל פלורנוי, המשמשת כיועצת מדינית, או אשטון קארטר, שאחראי לרכש ולטכנולוגיה בפנטגון. סבורים, כי לפלורנוי, המועדפת על-ידי הבית הלבן, אין די כישורי ניהול למלא את התפקיד. דובר הפנטגון מסר, כי המשרה תאויש עוד הקיץ, למרות שמעריכים, שאיושה ייתקל בקשיים.
כרגע עוברת מערכת הביטחון האמריקנית חילופי גברי. גנרל דיוויד פטראוס החליף את פאנטה כראש הסוכנות המרכזית לביון, וגנרל הנחתים ג'ון אלן קיבל את אישור הסנאט למינויו כמפקד זירת אפגניסטן. במקביל, מחכה גנרל מרטין דמפסי, רמטכ"ל הצבא, לאישור מינויו כיו"ר המטות המשולבים, שהוא היועץ הצבאי הבכיר לנשיא ולשר ההגנה.
לין משרת בפנטגון כשנתיים. הוא עסק בשיפור לוחמת הסייבר של הכוחות המזוינים האמריקניים, וייעל את התכנון התקציבי של מערכת הביטחון האמריקנית ואת משק האנרגיה שלהם. כמו-כן, עסק בשיפור פעילות הפנטגון למען החיילים המשוחררים. בין שאר פעולותיו – עידוד חיילים להשתמש במדיה חברתית, למרות סיכוני ביטחון מידע.
סגן שר ההגנה אחראי על התפעול השוטף של הפנטגון, כאשר שר ההגנה אחראי למדיניות, לניהול מלחמות ולקשרים עם הבית הלבן ועם הרשות המחוקקת. רק פעמים מעטות בתולדות ארצות-הברית קודם סגן שר ההגנה לתפקיד שר ההגנה. האחרון, שעשה זאת, היה ויליאם פרי, שהיה שר ההגנה השני של הנשיא
ביל קלינטון.