בדוח רשמי שמסרה ישראל לאו"ם (5.6.03), נטען כי ארגון אל-קאעידה מגייס לשירותיו פלשתינים והקים רשתות טרור בשטחי הרשות הפלשתינית.
כמה פלשתינים הקשורים לאלקעידה נמצאים כיום בבתי כלא בישראל.
הדוח מספר, כי היו כמה ניסיונות של אנשי אל-קאעידה נושאי דרכונים זרים לחדור לישראל מאז שנת 2001, כדי לאסוף מודיעין ולהשתתף בפעולות טרור. על-פי הדוח, הגבירה ישראל מאז את הפיקוח במעברי הגבול שלה.
ראש הממשלה אריאל שרון אמר בדצמבר 2002, כי "ישראל היא ללא שום ספק מטרה עבור ארגון אל-קאעידה". יאסר ערפאת קרא אז לדברי שרון: "שקר גדול, גדול".