יו"ר המועצה להשכלה גבוהה, שר החינוך גדעון סער, דחה את המתקפות על מסקנות הוועדה. "הוועדה עשתה עבודה מקצועית, מצוינת, וההתקפות על דוח הוועדה מצד מי שהיה מושא לביקורתה מלמדים על הלך רוח בעייתי", הדגיש אמש.

בנוסף לסנקציה שתינקט כלפי אוניברסיטת בן-גוריון אם לא יתקיימו שינויים בהרכב המחלקה לפוליטיקה ולממשל דורשת המועצה להשכלה גבוהה מכל המחלקות למדעי המדינה בישראל להגיש עד לחודש יוני דוח שיכיל תוכנית פעולה לתיקון הליקויים.

מאוניברסיטת בן-גוריון נמסר בתגובה כי האוניברסיטה עוסקת אך ורק בסטנדרטים אקדמיים וסטנדרטים של מחקר והוראה.

"כל ניסיון להציג דוח אקדמי כדוח הכולל המלצה לסגירת המחלקה על שום נטיותיה הפוליטיות, הינו חסר בסיס ומטעה. האוניברסיטה לומדת את דוח הוועדה באמצעות צוות מיוחד שהוקם לצורך כך לשם יישום המלצותיה האקדמיות בכובד ראש. תהליך הטיפול בסוגיה המרכזית שהעלתה הוועדה - חיזוק מקצועות הליבה במדעי המדינה - החל בטרם הוצג דוח הוועדה", לשון הודעת אוניברסיטת בן-גוריון.

ח"כ עתניאל שנלר (קדימה) אמר בתגובה לביקורת שהטיחו אנשי אוניברסיטת בן-גוריון בוועדה כי אין לחשוד בוועדה אקדמית בינ"ל שהיא בעלת נטיות פוליטיות.

"המאבק הוא על שימור המחקר והעצמאות האקדמית כנגד בולשביזם רעיוני של השמאל הרדיקאלי האנטי דמוקרטי, הפועל כנגד האינטרסים של מדינת ישראל במחלקה לפוליטיקה וממשל כפי שהתגלה בדוח האקדמי הבינלאומי. ראוי לשמר את המחלקה ולהפסיק את העבודה החתרנית, במסווה אקדמי, של חלק ממרצה", אמר.