האפיפיור, יוחנן פאולוס השני, התריע על קשיים חדשים המתעוררים במהלך הנסיון לאחד בין הכנסיה הקתולית והכנסיה האנגליקנית.
הערותיו נשמעו לאחר פגישתו הראשונה עם הארכיבישוף החדש של קנטרברי, רואן וויליאמס. האפיפיור החולה והמותש, ניהל שיחות פרטיות עם הארכיבישוף החדש, ביום שבת (4.10.03).
במהלך פגישתם בת 15 הדקות, האפיפיור, שדיבר באנגלית מקוטעת, אמר כי חלק מהקשיים מתבטאים בנושאים כמו אמונה ועקרונות מוסריים.
מחלוקות עמוקות סביב נושא ההומסקסואליות התעוררו בין הכנסיות, בעקבות ההסמכה לכמורה של בישופ הומוסקסואל על-ידי הכנסיה האפיסקופלית בארצות הברית.
בשיחתו עם כתבים לאחר פגישתו עם האפיפיור יוחנן פאולוס, אמר הארכיבישופ רואן וויליאמס, כי הכנסיה האנגליקנית מודעת לרגישות של הנושא בפלגיה השונים של הכנסיה הנוצרית.
הארכיבישופ יקיים פגישת חירום של הכנסיה האנגליקנית בכדי לדון בנושא בעוד כשבועיים. לדבריו, יש לעשות מאמץ לא לאבד את שהושג בהסכמים ביניהם, וכי יעלה את נושא ההומוסקסואליות לאור העובדה כי הותיקן מביע דאגה בנושא.
הותיקן דחה את ההסמכה לכמורה של כומר הומוסקסואלי, בעוד הכנסיה האנגליקנית אימצה לעצמה גישה ליברלית יותר, אך הדבר גרם לפילוג עמוק בכנסיות.