תפקידו הבא של ליפקין-שחק היה מפקד גדוד 90, גדוד הנח"ל המוצנח של חטיבת הצנחנים.

באפריל 1973 השתתף במבצע אביב נעורים כמפקד כוח הצנחנים שתקף את מפקדת החזית העממית לשחרור פלשתין בביירות. יחד עם לוחמיו הצליח להטמין בבניין מטעני נפץ ולהשמיד את היעד למרות אש כבדה שנורתה עליהם. על פעולה זו קיבל את עיטור העוז השני שלו: "בליל 9 - 10 באפריל 1973, בפשיטה על בניין החזית הדמוקרטית בביירות, פקד סא"ל אמנון שחק על הכוח הפושט. בתחילת הקרב, נפגעו שלושה לוחמים, שהיו שליש הכוח הפושט, על שארית הכוח נפתחה אש, הן מהיעד עצמו (בניין בן שבע קומות) והן על־ידי מחבלים, שהגיעו מהסביבה הקרובה. למרות הנפגעים, אש האויב החזקה, וחוסר האפשרות לקבל סיוע מכוחות אחרים, התמיד סא"ל אמנון שחק בביצוע המשימה. הוא פינה את הנפגעים, השמיד את כח האויב ופוצץ את הבניין. במעשיו אלה, הוכיח מנהיגות מעולה, קור רוח, אומץ לב ותושייה למופת. על מעשה זה הוענק לו: עיטור העוז".

מלבד שני עיטורים אלה קיבל גם, בהיותו רמטכ"ל, את אות ליגיון ההצטיינות של צבא ארצות הברית.

במלחמת יום הכיפורים היה ליפקין-שחק סגן מפקד חטיבת הצנחנים. במהלך המלחמה השתתף בקרב הקשה בחווה הסינית ובקרבות באזור איסמעליה שבמצרים.

שלוש שנים לאחר המלחמה מונה ליפקין-שחק למח"ט הצנחנים במילואים ובשנת 1977 מונה למפקד החטיבה הסדירה של הצנחנים. לאחר מבצע ליטני כמעט והודח ליפקין-שחק מתפקידו על-ידי הרמטכ"ל דאז, מוטה גור, לאחר שחמישה חיילים מן החטיבה שבפיקודו עברו על הוראות, נחטפו ונרצחו. רק לאחר מאמצי שכנוע חזר בו הרמטכ"ל.

במלחמת לבנון הראשונה פיקד ליפקין-שחק על אוגדה ולאחר מכן מונה למפקד אזור ביירות. בשנת 1983 מונה לאלוף פיקוד המרכז ובשנת 1986 מונה לראש אגף המודיעין של צה"ל. בשנת 1991 קודם לתפקיד סגן הרמטכ"ל וראש אגף המבצעים של צה"ל. במסגרת תפקידו זה פיקד על מבצע שלמה להעלאת יהודי אתיופיה לישראל ועמד בראש המשלחת הישראלית לשיחות טאבה.

בשנת 1995 החליף ליפקין-שחק את הרמטכ"ל דאז אהוד ברק. עוד בטרם מונה פרסם הודעה לציבור אודות מחלת סרטן הדם שבה לקה ושממנה הבריא. בתקופת כהונתו נפגש בין היתר עם רמטכ"ל צבא סוריה.

אחת מן ההחלטות האסטרטגיות שקיבל במהלך כהונתו הייתה ההקמה המחודשת של יחידת אגוז. זאת בשל ההגדרה שנתן לארגון חיזבאללה כארגון גרילה העוסק בטרור.

האפיזודה הפוליטית בחייו של ליפקין-שחק הייתה קצרה למדי. הוא הפציע אל העולם הפוליטי זמן קצר לאחר שפרש מן הצבא כשהוחלף על-ידי שאול מופז. מייד לאחר שחרורו מתח ביקורת על ראש הממשלה דאז, בנימין נתניהו, והודיע על רצונו להתמודד מולו על ראשות הממשלה.

יחד עם דן מרידור ועם רוני מילוא הקים ליפקין-שחק את מפלגת המרכז. "כבר לא רואים חיוכים על הפנים של אנשים", אמר במסיבת העיתונאים שבה הכריז על הקמת המפלגה. בסופו של דבר לא עמד בראשה כמועמד לראשות הממשלה מול נתניהו משום שאל משבצת זו הוצנח איציק מרדכי.

בשנת 1999 נבחר לכנסת מטעם מפלגת המרכז שזכתה בשישה מנדטים. הוא מונה לשר התיירות ולאחר התפטרות איציק מרדכי בשל כתב האישום שהוגש נגדו מונה גם לשר התחבורה. לאחר זמן מה פרש ממפלגתו וחבר למפלגת ישראל אחת של אהוד ברק. לאחר שברק נכשל בבחירות לראשות הממשלה בשנת 2001 התפטר ליפקין-שחק מן הכנסת.

עם זאת, בשנים שלאחר מכן היה מעורב מאחורי הקלעים ביוזמות פוליטיות שונות דוגמת יוזמת ז'נבה. לאחר מלחמת לבנון השנייה ישב ליפקין-שחק בראש ועדת בדיקה שמינה שר הביטחון דאז, עמיר פרץ. לאחר שאחד מחברי הוועדה, אלוף במיל. הרצל בודינגר הודיע על פרישתו ממנה מסיבות אישיות פורקה הוועדה והוקמה ועדת וינוגרד לבחינת כשלי המלחמה.

לאחר פרישתו מן הכנסת מונה ליפקין-שחק ליו"ר קונצרן קבוצת תהל. הוא היה דירקטור גם בחברות טבע, פקר פלדה, יפאורה וחברות המלח. משנת 2005 כיהן כחבר דירקטוריון בחברת התעופה אל-על.

את שם המשפחה הכפול שלו סיגל לעצמו ליפקין-שחק בעקבות ההנחיה שהייתה נהוגה בצה"ל שעל פיה מי שיוצא ללימודים בחו"ל צריך לשאת שם עברי. בסוף שנות השבעים הוא יצא ללימודים בצרפת. לשם כך נדרש על-ידי צה"ל לעברת את שמו. הוא בחר בשם שחק והחליף את שמו הקודם. לאחר שהסתיים הקורס שב להשתמש בשמו המקורי - ליפקין ובו בלבד. אולם כשמונה לאלוף פיקוד המרכז גילה שהשם שחק נשמר במחשבים של צה"ל ומאז השתמש בשני שמות המשפחה שלו.