במצב עניינים זה, היה על ברק ואשכנזי להיות ערים ומודעים לנזק הרב שנגרם, ולהביא להפסקת מצב זה. זאת, כדי למנוע פגיעה כה חמורה בשיתוף הפעולה בין שתי הלשכות, שהוא חיוני לתפקודה התקין של מערכת הביטחון. ראוי היה, כי ברק ואשכנזי יפעלו להרגעת הרוחות בקרב העוזרים הקרובים להם, עוד טרם התגלגל העניין לכדי שבר ביחסים.

לדברי המבקר, מצופה משני בעלי תפקידים מרכזיים אלה, שיתעלו מעל החיכוכים האישיים וימצאו את הדרך הנאותה לעבודה משותפת, כדי שהעיקר בעיסוקם הציבורי יהיה בבעיות הביטחוניות ולא ביחסים מוחצנים שיהפכו לכאורה לעיסוק מרכזי על סדר היום הלאומי. ראוי היה שמצב היחסים הטעון, הקשה והמתמשך בין ברק ואשכנזי היה מוצא את פתרונו בין שני האישים, ובמידה גוברת של יוזמה מצד ברק ואף במעורבות מצד ראש הממשלה, בנימין נתניהו.

המשבר הגדול הראשון בין אשכנזי לברק התגלע בקיץ 2009 - מחלוקת בסוגיית מינוי סגן הרמטכ"ל, כיוון שאשכנזי לא הסכים למנות את יואב גלנט לתפקיד. לדעת מבקר המדינה, לאחר שברק ראה בגלנט מועמד בעתיד לתפקיד הרמטכ"ל, היה מקום שגלנט ימלא תפקיד מרכזי במטה הכללי אשר יעניק לו ניסיון וידע מהותיים לקראת ההתמודדות על התפקיד.

באוקטובר 2008 סיים אלוף יוסף מישלב את תפקיד מתאם פעולות הממשלה בשטחים. ברק ביקש בתחילה למנות לתפקיד את ראש המטה שלו דאז, תא"ל מייק הרצוג, ובהמשך ביקש למנות לתפקיד זה את המזכיר הצבאי שלו דאז, תא"ל איתן דנגוט. אשכנזי ביקש למנות לתפקיד קצין אחר. גם במקרה זה התגלעה מחלוקת קשה בין ברק ובין אשכנזי, אשר גרמה לכך שבמשך כשנה, באופן חריג ביותר, לא מונה מתאם ואת התפקיד מילא עמוס גלעד, שנאלץ לעשות זאת בכפל תפקידים עם תפקידו כראש האגף הביטחוני-מדיני במשרד הביטחון, לרבות במהלך מבצע "עופרת יצוקה". להתנהלות זו לא היה מקום והיא יצרה מצב בלתי סביר, שצריך וניתן היה למונעו.

ב-9.2.10 הודיע ברק לתקשורת, כי פרסומה של ידיעה כאילו החליט להאריך את כהונתו של אשכנזי, נוצרה ב"בית מדרשו" של בניהו. האשמה שגויה זו החריפה עוד יותר את היחסים בין השניים. לדברי המבקר, היה על ברק להימנע מלתקוף פומבית קצין בצבא, ולאחר מעשה ראוי היה שימצא את הדרך לתקן את המעוות.

נושא הוראת פיקוד עליון המפקדה הכללית הוצג למשרד מבקר המדינה כאחד מסלעי המחלוקת הקשים בין ברק ובין אשכנזי ולשכותיהם. משעלתה מחלוקת ביחס לביטויים הנכללים בהוראה הנוגעים לנושאים עקרוניים של כפיפות הרמטכ"ל וכפיפות צה"ל, לא נפגשו ברק ואשכנזי במשך כעשרה חודשים כדי לפתור מחלוקת זאת. היה מקום שברק יידרש לנושא זה כשהתגלעה המחלוקת ויפעל לפתור אותה בהקדם.

ברק נמנע במשך כשנה מאישור חלק מהוראות הפיקוד העליון שהועברו לאישורו, כאמצעי להפעלת לחץ על אשכנזי בנושא הוראת המפקדה הכללית. משרד מבקר המדינה אומר, שדרך זאת איננה תקינה מבחינה ציבורית ומנהלית. באי-אישורן של הוראות פיקוד עליון חשובות העוסקות בייעודם ובתפקידיהם של מספר אגפים במטה הכללי, יש כדי לשבש את מהלך העבודה התקין בצה"ל. על ברק היה לפעול לכך שהוראות פיקוד עליון אלה יאושרו מוקדם ככל הניתן.

מיוני 2010 ועד לסיום תפקידו של אשכנזי, ב-14.2.11, הוא מינה 170 קצינים לתפקידים בתקני אל"מ ותא"ל לעונת האיוש 2011 – כפי שעשו רמטכ"לים דומים בשלהי כהונתם. בניגוד לשרי ביטחון קודמים, ברק לא אישר עד לסיום כהונתו של אשכנזי 157 (92%) מתוך המינויים הללו. עצירת תהליך המינויים של הקצונה הבכירה בצה"ל למשך שמונה חודשים, אומר המבקר, יצרה קושי ממשי וגרמה לפגיעה משמעותית ושלא לצורך בתהליכי העבודה התקינים בנושא המינויים בצה"ל, בקצינים שנכללו ברשימות המינויים באותה תקופה ובמעמדו של הרמטכ"ל. כמו-כן, היא הסלימה את האווירה הקשה ששררה ממילא בין שני האישים. כאשר נכנס גנץ לתפקיד הרמטכ"ל, אישר לו ברק 148 מינויים בתוך חודשיים.

בעקבות החלטת הממשלה על מינויו כרמטכ"ל, סיים גלנט באוקטובר 2010 את תפקידו כמפקד פיקוד הדרום והחל בהכנות לתפקיד הרמטכ"ל. בתקופה שבה עשה גלנט הכנות לתפקידו החדש, מונה סגן רמטכ"ל (יאיר נווה) והוכרז על-ידי לשכת ברק על מינוי צפוי של דובר צה"ל (ליאור לוטן). משרד מבקר המדינה מעיר לברק, כי הוא פעל בניגוד להוראת פיקוד עליון בנוגע לשני מינויים אלו, בכך שהתעלם מאשכנזי.

כאשר בוטל מינויו של גלנט לרמטכ"ל בפברואר 2011, אמר ברק לתקשורת, כי החליט שלא להאריך את כהונתו של אשכנזי עד למינוי הרמטכ"ל הבא, בשל "עניינים אתיים, נורמטיביים ומקצועיים" שייחס לאשכנזי, ולא פירט במה מדובר. לא היה מקום לאמירה כאמור מפי שר ביטחון נגד רמטכ"ל מכהן טרם שהייתה מבוררת ביסודיות ומעוגנת עובדתית. מצופה היה מברק, כמי שהרמטכ"ל פועל בכפיפות ישירה אליו, כי קודם כל יברר לעומק את הדברים, יציג אותם במישרין לאשכנזי, וידרוש ממנו את התייחסותו לדברים; זאת, טרם שהעלה את טענותיו בפומבי, ועל אחת כמה וכמה לפני שהסתיימו הבדיקות בפרשת הרפז.

משרד מבקר המדינה מציין, כי הן ברק והן אשכנזי טענו, כי בבסיס התנהלותו של השני עמדה תוכנית פעולה אשר מסמך הרפז היה חלק ממנה או שיקף אותה. לדעת ברק, המסמך "הומצא בסביבת אשכנזי" כחלק מתוכנית רחבה יותר אשר נועדה להביא לכך שאשכנזי ימשיך לשנת כהונה חמישית, למנוע את בחירת גלנט לתפקיד הרמטכ"ל ולפגוע בו ובקורן. לדעת אשכנזי, מאחורי המסמך עומד מישהו מסביבת ברק, והמסמך שיקף תוכנית פעולה לפגוע בו, במעמדו ובתפקודו ולגרום לו לסיים את תפקידו מוקדם מהמתוכנן.

בביקורת לא נמצא שברק או אשכנזי התנהלו על בסיס תוכנית פעולה שכזו. לא נמצא, כי ברק גיבש תוכנית פעולה לפגוע באשכנזי ולגרום לו לסיים את תפקידו לפני תום התקופה או לסיימו "חבוט וחבול" כטענת אשכנזי. כמו-כן לא נמצא, כי אשכנזי גיבש תוכנית פעולה אשר נועדה להביא לכך שימשיך לשנת כהונה חמישית, ולמנוע בצורה בלתי חוקית, או על-ידי "פוטש" כטענתו של ברק, את בחירת גלנט לתפקיד הרמטכ"ל.

לנושא אפשרות הארכת הכהונה של אשכנזי בשנה ולהודעות הפומביות של ברק במועד שפורסמו, הייתה השפעה משמעותית לרעה על מערכת היחסים שבין ברק ובין אשכנזי ובין לשכותיהם. זאת על-אף שהחלטת הממשלה בנושא הייתה ברורה, ושאשכנזי לא ביקש מהשר לכהן שנה נוספת, וברק אף אישר זאת בפני נציגי משרד מבקר המדינה.

לדברי ברק, בפגישת עבודה שקיים עם אשכנזי ביוני 2010, שאל אותו אשכנזי מתי בכוונתו להודיע על מינוי הרמטכ"ל הבא, ותשובתו הייתה, כי יעשה זאת כחצי שנה לפני כניסתו לתפקיד. לדברי ברק, אשכנזי התנגד וטען שבדרך כלל ממנים רמטכ"ל חדש חודשים מספר לפני התחלת כהונתו. ברק הוסיף, כי בסוף השיחה אמר לו אשכנזי, שאם הוא יקבע את הרמטכ"ל הבא במועד שציין "תהיה מלחמה".

ברק אמר לנציגי משרד מבקר המדינה, כי התקומם על ביטוי זה ואמר לאשכנזי: "אתה שומע מה אתה אומר? אתה כפוף לי, כך שלא יכולה להיות מלחמה בינינו". לדברי ברק, הוא אמר לרמטכ"ל דאז, שאם אלוף היה מדבר כך אליו (אל הרמטכ"ל) הוא היה "מעיף אותו מהחדר". אשכנזי הגיב על דברים אלו של ברק: "אני אומר לכם - זה שקר וכזב. אני רוצה לומר את זה. מבחינתי, אני מחר בבוקר בפוליגרף על זה... חד וחלק".