ישראל עומדת מאחורי ההפיכה הצבאית בתחילת יולי במצרים, שראתה נשיא איסלמי שנבחר באופן דמוקרטי האיסלאמי מוסר מכוח בתפקידה, ולטורקיה יש ראיות כדי להוכיח זאת" - כך טען (יום ג', 20.8.13) ראש ממשלת טורקיה רג'פ טאיפ
ארדואן.
בדברים שנשא במפגש של מפלגת "הצדק והפיתוח" בראשה הוא עומד, ארדואן אמר כי ממשלתו הצליחה להוכיח את מעורבותה של ישראל, והביא כראיות הצהרות שבוצעו במהלך 2011 בפגישה בין אינטלקטואל יהודי ושר המשפטים הטורקי בצרפת, על-פי העיתון הטורקי "הורייט".
לדברי ארדואן, האינטלקטואל אמר בזמנו כי "האחים המוסלמים לא יהיו בשלטון, גם אם הם ינצחו בבחירות, כי דמוקרטיה אינה רק הקלפיות".
"עכשיו המערב מתחיל לומר שדמוקרטיה אינה בקלפי או אינה רק בקפלי, אבל אנחנו יודעים שהקלפי הוא רצונו של העם", אמר ארדואן. "זה מה שיושם במצרים. מי עומד מאחורי זה? ישראל. יש לנו ראיות לכך", הוסיף ראש הממשלה הטורקי.
טורקיה תמכה במורסי וגינתה את הדחתו מהשלטון על-ידי הצבא המצרי ואת שפיכות הדמים שלאחר מכן על-רקע סכסוך אזרחי נרחב. בשבוע שעבר, איסטנבול החזיקרה את שגרירה במצרים במחאה, והממשלה הזמנית של מצרים הלכה בעקבותיה והחזירה את השגריר המצרי לטורקיה, כך שפועל נותקו היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות.
טורקיה וישראל נהנו אף הן מיחסים דיפלומטיים, כלכליים וצבאיים קרובים עד למבצע "
עופרת יצוקה" בשנערך בשנים 2008-2009 נגד ארגוני הטרור בעזה ותקרית ספינת "המרמרה" בשנת 2010, במסגרתה תשעה אזרחים טורקים נהרגו בניסיון לפרוץ את המצור הימי הישראלי על רצועת עזה.
למרות הפיוס בתיווכו של נשיא ארה"ב
ברק אובמה בחודש מרס, הקשרים נותרו מתוחים.