ליקויים רבים התגלו בתפקודם של תאגידי המים, הרשויות המקומיות ורשות המים בתחום משק המים והביוב ויחסי הגומלין ביניהם. זאת, עד כדי ניצול לרעה של מנגנוני השליטה של הרשויות המקומיות בתאגידים - כך עולה (יום ג', 15.10.13) מדוח
מבקר המדינה 63ג.
בנובמבר 2011 קיבלה הממשלה החלטה העוסקת בין היתר בעסקות בין התאגידים ובין הרשויות המקומיות, לרבות בעניין פרסום מכרזים משותפים ומתן שירותי גבייה לתאגידים, מתוך מטרה להוזיל עלויות. המבקר מצא כי מועצת רשות המים לא קבעה כללים ואמות מידה בעניין זה ובפועל, כל תאגיד פועל בהתאם לסיכומיו עם הרשות המקומית, לעתים באופן בזבזני - מצב שאף אף מביא להוצאת כספם של צרכני המים למטרות מוניציפליות שאינן קשורות למשק המים.
עוד נמצא, כי ארבע רשויות מקומיות גובות היטלי מים וביוב לקופתן, אף שהיטלים אלה היו צריכים להיות משולמים לתאגידים, ואף שהתאגידים הם שנושאים בעלויות עבודות התשתית, בהיקף של מיליוני שקלים, שההיטלים נועדו למימונן.
עוד סממן לבזבוז נובע מכך שחלק מהתאגידים התקשרו עם הרשויות המקומיות בעסקות לקבלת שירותי גבייה והפעלת המוקד העירוני ואף פעלו לחידוש הסכמים אלה, בלי שהתאגידים בדקו את כדאיותן הכלכלית. לעתים עלותן של ההתקשרויות הללו יקרה יותר מחלופות אחרות.
המידע שנעלם מהפרוטוקולים
דוגמה מובהקת לסדרי מינהל בלתי תקינים וצורמים בעליל מצא המבקר בתאגיד המים "פלג הגליל". התאגיד עשה עסקה עם הרשויות המקומיות חצור הגלילית וצפת, לפיה הן העבירו אליו את מניותיהן בחברת צח"ר, המנהלת ומפעילה מתקן לטיהור שפכים באמצעות יזם; התאגיד קיבל עליו במסגרת העסקה התחייבויות של הרשויות המקומיות, שהוערכו בכ-17 מיליון ש"ח. בפרוטוקולים של ישיבות דירקטוריון התאגיד, שבהן נדונה ואושרה העסקה, אין ביטוי לקיום דיון של הדירקטוריון בהשפעות של נטילת התחייבויות כאלה על איתנותו הפיננסית של התאגיד ועל יכולתו להמשיך ולפעול כ"עסק חי".
מנכ"ל תאגיד פלג הגליל משמש גם מנכ"ל צח"ר. זאת אף שהוועדה לבדיקת מינויים שהוקמה לפי חוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975, העלתה חשש ל
ניגוד עניינים, ואף שכהונתו בתפקיד מנכ"ל פלג הגליל הותנתה על-ידי הוועדה בכך שיתפטר מתפקידו כמנכ"ל צח"ר. למרות ניגוד העניינים השתתף המנכ"ל באופן פעיל במשא-ומתן לעסקה בין הרשות המקומית חצור הגלילית לתאגיד פלג הגליל וצח"ר, ואף חתם על העסקה בשם שני האחרונים.
מעבר לכך, מצא המבקר כי מנכ"ל תאגיד פלג הגליל משמש גם מנכ"ל צח"ר. זאת אף שהוועדה לבדיקת מינויים העלתה חשש לניגוד עניינים, ואף שכהונתו בתפקיד מנכ"ל פלג הגליל הותנתה על-ידי הוועדה בכך שיתפטר מתפקידו כמנכ"ל צח"ר. למרות ניגוד העניינים השתתף המנכ"ל באופן פעיל במשא-ומתן לעסקה בין הרשות המקומית חצור הגלילית לתאגיד פלג הגליל וצח"ר, ואף חתם על העסקה בשם שני האחרונים.