דוח מסווג של מבקר המדינה בעניין הר-הבית דלף לרשת האינטרנט ומאז ה-23.12.13 מתפרסם באתר יהודי בארה"ב. הדלפת ופרסום פרטי הדוח, העוסק במחדלי הרשויות בישראל שאיפשרו אוטונומיה מוסלמית על ההר תוך הרס עתיקות, מהווים עבירה פלילית.

בדיוני הוועדה לביקורת המדינה בכנסת הסכימו מבקר המדינה, נציגי השב"כ, וכמה חברים בוועדה לפרסם את הדוח שהתקבל ב-2011, אולם ראש-הממשלה בנימין נתניהו שיגר אל הוועדה את מזכיר הממשלה דאז צביקה האוזר, וחברים בוועדה הוחלפו, כדי למנוע את חשיפתו לציבור בטענה של שמירת בטחון המדינה.

גורם במשרד מבקר המדינה אמר כי הוא יכול לנחש מי המקור העומד מאחורי הדלפת הדוח הרגיש. להערכתו, האישיות המדוברת נושאת בתפקיד בכיר מאוד. פרסום שם המדליף עשוי לגרום טלטלה.

במהלך הכנסת הקודמת, החליטה ועדת המשנה לביטחון של הוועדה לביקורת המדינה, כי דוח מבקר המדינה בעניין הר-הבית יישאר חסוי. המתנגדים לפרסומו היו חברי הכנסת אופיר אקוניס מהליכוד, ואמנון כהן משס. אם היה כהן נמנע בהצבעה, היה ניתן להסיר את החיסוי ולפרסם את הדוח במלואו.

הדיון בוועדה נערך לאחר עתירה לבג"ץ שהוגשה נגד מבקר המדינה והוועדה לביקורת המדינה על-ידי תנועת נאמני הר-הבית, למתן צו על תנאי להסרת החיסיון. מדובר בדיון שהתקיים ב-28 ביוני 2012, בו הודיעה הוועדה לבית המשפט כי תקיים דיון נוסף בעניין, הודעה שעל פיה החליטה השופטת עדנה ארבל להשהות את החלטתה עד קיום הדיון.

לאחר הדיון בו השתתפו יו"ר ועדת המשנה, ח"כ אורי אריאל, ח"כ אופיר אקוניס (ליכוד) וח"כ אמנון כהן (שס) בנוכחות נציגי משרדי המבקר, ראש הממשלה, המשפטים, חוץ וביטחון הפנים, רשות העתיקות, ועיריית ירושלים, הוחלט לא להסיר את החיסיון שהוטל על הדוח.

בעקבות פרסום הדוח, אמר ח"כ משה פייגלין (הליכוד ביתנו): "מתברר שטענתי כי ממשלת ישראל מפקירה את ריבונות המדינה בהר הבית ומעבירה אותה בפועל לידי המוסלמים היא נכונה. היות שהפקרה זו נעשית בניגוד לחוק, הפך הדבר לסוד המוסתר מהריבון – העם ונציגיו בכנסת. השימוש בטיעון הביטחוני בהסתרת הדוח, לא נועד להגן על שלום הציבור והמדינה, אלא על שלום פוליטיקאים. מדובר במעשה חמור הפוגע בביטחון ומקעקע את היסודות הדמוקרטיים של המדינה".