ראש הממשלה בנימין נתניהו הורה (יום ו', 2.9.16) לבטל את כל עבודות הרכבת שתוכננו לשבת, לאחר שהתברר כי אין בביצוען מניעת סכנת חיים. שר העבודה חיים כץ הסכים לבטל את העבודות, והדבר קיבל אישור סופי של היועץ המשפטי במשרד העבודה.

בהודעת לשכת ראש הממשלה נאמר:

"ראש הממשלה הנחה להשהות את העבודות ברכבת בשבת הקרובה ותוך 72 שעות להביא את הנושא להכרעה. ראש הממשלה קיבל החלטה זו אחר שהתקבלו דיווחים סותרים ממשרד התחבורה על נחיצות העבודות בשבת, סתירות שיצרו משבר אמון חריף עם השר כ"ץ.

"רק לפני חודש נפגש כ"ץ עם ראשי הסיעות החרדיות והבטיח להם שלא יבוצעו עבודות כלשהן בשבת. זמן קצר לאחר מכן, אחר שכ"ץ נכשל בניסיונו להשתלט על מוסדות הליכוד, הדהים שר התחבורה את ראשי הסיעות החרדיות כשנתן הנחיות לבצע עשרות עבודות בשבת.

"כ"ץ טען שהכרחי לבצע את העבודות בשבת ולא בימי חול כדי לא להפריע לתנועה. אך טענה זו נסתרת על-ידי עובדה שכ"ץ הסתיר ממשרד ראש הממשלה, שהוא עומד להשבית בקרוב את תנועת הרכבות לשמונה ימים רצופים, לרבות בימי חול. השבתה זו צפויה ליצור עומסי תנועה רבים ולפגוע קשות בציבור הנוסעים, לרבות בנסיעות החיילים.

"ביום רביעי האחרון הודיע מנכ"ל הרכבת בעז צפריר ש-17 מתוך 20 העבודות בשבת ניתנות לדחייה, ואילו היום נדהמו משרד ראש הממשלה והסיעות החרדיות לגלות כי השר כ"ץ הורה לבצע את כל 20 העבודות דווקא בשבת.

"אין דרך להבין את פעולותיו של כ"ץ אלא כניסיון מכוון להביא למשבר מיותר עם החרדים כדי לערער את יציבות הממשלה. ככל הנראה, כ"ץ מנסה לצבור נקודות בקרב הציבור הרחב שאינו מצוי בפרטים על-ידי חילול שבת שייצור משבר עם החרדים.

"השר כ"ץ מעצים את המשבר שהוא יצר במו ידיו", לשון התגובה.

נכון לכניסת השבת, רכבת ישראל אומרת כי לא קיבלה שום הנחיה מלשכת ראש הממשלה על ביטול העבודות, אפילו לא 17 העבודות שהוסכם כי אינן נחוצות להתבצע בשבת, לא ממהרת לשכת ראש הממשלה להחליט בעניין.

סלע המחלוקת היה שלוש עבודות שבגינן לא הגיעו הצדדים בוועדת הורביץ להסכמה. פרטי העבודות נמסרו לנציגים החרדיים, והוצגו בפני הרבנים הראשיים לישראל דוד יוסף והראשון לציון יצחק יוסף.

בחוות הדעת שהוגשה ע"י נציגי הרכבת ומשרד רה"מ נטען כי שלוש העבודות הכרחיות ובגדר פיקוח נפש. אולם הסיבה שניתנה לכך הייתה תמוהה: אם לא יופעלו רכבות הדבר יביא לעומס שיכריח הפעלת אוטובוסים, ובשל הלחץ הדבר יכריח את התערבות המשטרה, מה שיביא לגריעת מצבת השוטרים מהשיגרה היומיומית, דבר שעלול לגרום לפיקוח נפש...

חוות הדעת נשלחה ע"י השר יעקב ליצמן לרבנים. הרבנים בחנו את הנימוק, דחו אותה בשתי ידיים וקבעו כי מדובר בחילול שבת שאינו מוצדק ואין בו אפילו ספק של פיקוח נפש.

הכדור הלוהט הועבר לידיו של ראש הממשלה, שהכריע כי יימנע משבר קואליציוני חמור שעשוי להוביל לפרישת המפלגות הדתיות, וקיבל את עמדת שותפיו לקואליציה.

לראש הסגל של נתניהו, יואב הורביץ, הבהירו החרדים כי לא תהיה פשרה בנושא, וכי הדרישה היא שלא תבוצענה שום עבודות שיש בהן חילול שבת.