מבקר המדינה, יוסף שפירא, מעלה חשש לפלילים מצד הקרן הקיימת לשעבר, בתקופה שעמד בראשה אפי שטנצלר, בנוגע לסיוע של מיליון שקל שהעניקה קק"ל למכללת שנקר. בראש המכללה עומדת שרת החינוך לשעבר, יולי תמיר, החברה - כמו שטנצלר - במפלגת העבודה.

שפירא הודיע (יום ד', 19.1.17), כי העביר את ממצאיו בנושא ליועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, וכי החשש לפלילים נוגע להתנהלות בכירי קק"ל ולא לתמיר. קק"ל העניקה לשנקר, העוסקת בתחום האופנה, סיוע להקמת בניין ברמת גן - שהוא בעייתי משום שאינו נכלל בין מטרותיה. הביקורת העלתה, כי מכתב מרכזי בעניין זה נשלח מלשכת היו"ר ללא העתקים, וכי במכתב אחר נמחק משפט מפתח.

שנקר החליטה להשקיע 2.2 מיליון שקל בהקמת הבניין, וביקשה סיוע מקק"ל. בפברואר 2014 התחייבה קק"ל לתת מיליון שקל, אך כיון שהבניין איננו בין יעדיה, הובהר שהכסף יינתן רק אם קק"ל תמצא תורם. מדוע צריכה בכלל הקרן הקיימת להיות פעילה בנושא זה - לא ברור.

ב-4.5.14 העבירה מתאמת הפרויקטים של קק"ל מכתב לשני היו"רים, שטנצלר ואלי אפללו, ובו פירוט הפרויקט. הוא אושר ב-4.8.12, אך מישהו דאג למחוק ממנו את המשפט "המימון - תרומה ב-100 אחוז". המחיקה הביאה לכך, שקק"ל התחייבה לתת מיליון שקל, גם אם לא יימצא תורם.

מכתב ההתחייבות נשלח רק ללמיר. בניגוד למקובל, לא נשלחו העתקים לבכירי הקרן העוסקים בנושא. גם ראש עיריית רמת גן לא קיבל העתק. זהו מכתב אישי-סודי בין שנים מבכירי מפלגת העבודה - תמיר, שכאמור הייתה שרה וחברת כנסת, ושטנצלר שהיה ראש עיריית גבעתיים ונבחר לתפקיד היו"ר כנציג מפלגת העבודה.

לאחר מספר ימים התכנסה ועדת הפרויקטים העליונה כדי לאשר את התשלום החריג. שטנצלר היה חולה ולא הגיע לישיבה, אך ביקש לאשר את התשלום. אפללו מהליכוד התנגד, והנושא הורד מסדר היום. כך הודיעו לשנקר. אחרי זמן קצר התקשרה תמיר טלפונית לשטנצלר. היא הביעה פליאה על שההתחייבות נעלמה לפתע ואכן, בנובמבר אותה שנה התכנסה שוב ועדת הפרויקטים העליונה ואישרה את מיליון השקלים, ללא התניה בתרומה.

שפירא אומר כי אלו "פעולות חריגות", אבל אין לו כלים מתאימים לבדוק הלאה. הוא מעיר עוד, שהמחסור בתיעוד - לא רק בפרשה זו - מקשה על הביקורת והבדיקות. מה קרה באמת? למה אין העתק מהמכתב החשוב? מי מחק משפט מפתח ממסמך אחר? המבקר שאל בנפרד את שטנצלר, אפללו ובכיר נוסף. כפי שאפשר היה לצפות, איש לא זוכר, ומי שזוכר משהו אומר שהייתה טעות אנוש, או שהשני אשם.