בעמונה הסתיים (יום ה', 2.2.17) פינוי בית הכנסת, המבנה המאויש האחרון במאחז. השוטרים הרחיקו את אחרוני המתבצרים והעלו אותם על אוטובוסים. חלק מהנערים ניפצו את חלונות האוטובוס וניסו להימלט. מקצתם ברחו וחלקם נתפסו על-ידי כוחות הביטחון.

הפריצה למתחם נתקלה בהתנגדות קשה ואלימה מצד המתבצרים במקום. במהלך ניסיונות הכניסה הושלכו לעבר השוטרים אבנים, מטפי כיבוי, בקבוקי צבע, קרשים ואמצעים נוספים. השוטרים השתמשו בזרנוק מים כדי להדוף את עשרות הנערים המתבצרים בבית הכנסת.

המשטרה דיווחה על 17 שוטרים שנפצעו, והם מתווספים ל-24 שוטרים שנפצעו עד כה בפינוי. 4 שוטרי מג"ב שנפצעו בפינוי פונו למחלקה לרפואה דחופה של בית החולים שערי צדק. השוטרים סובלים מחבלות קלות. 4 שוטרים נוספים פונו לבית החולים הדסה, שניים מהם סובלים מחבלות ראש במצב קל, שוטר נוסף סובל מכוויה בפניו, במצב קל.

את תשמישי הקדושה פינו ראשי הקהילה, ובמהלך היום יגיעו נציגי התושבים למאחז כדי לאסוף את חפציהם בליווי אנשי משרד הביטחון. השר לביטחון פנים, גלעד אדן התייחס לפינוי בבית הכנסת ואמר כי "המתבצרים בבית הכנסת הם חוליגנים הראויים לכל גנאי, הם מבזים את היהדות ואין להם שום כבוד לדת, בית הכנסת. אני מצפה מהמשטרה לפעול בנחרצות לפנותם".

ראש הממשלה בנימין נתניהו אמר לאחר השלמת הפינוי: "אני קורא לכולם להתפנות ללא אלימות והתנגשות, לכבד את החיילים והשוטרים שכואב להם לא פחות מלנו, וגם להם קשה. עשינו כל מאמץ שלא נגיע לרגע הזה אבל בסופו של דבר קיימנו את דרישת החוק, כי אנחנו מדינת חוק".

קודם לכן, הסתיים פינוי המגורון הסמוך לבית הכנסת. בניגוד ליומו הראשון של הפינוי, מנעה המשטרה סיקור תקשורתי והרחיקה את העיתונאים. השוטרים גם הצטיידו במשקפי מגן לעיניים, במגני פלסטיק ובקסדות.

ככלל, במהלך הפינוי מקרי אלימות פיזית או מילולית מצד המפונים היו בודדים, ורק 13 צעירים נעצרו קודם לפריצה לבית הכנסת. חלק מן הצעירים המפונים דיווחו על אלימות משטרתית באוטובוסים שהסיעו אותם מזירת ההתגוששות. בעלייתם לאוטובוס החרימו השוטרים את הטלפונים הסלולריים מהצעירים, בנימוק מוזר של בטיחות הנסיעה. לדברי הצעירים, ההחרמה נעשתה כדי למנוע תיעוד של שוטרים שהיכו חלק מיושבי האוטובוסים באגרופנים ובבעיטות בלי שקדמה לכך כל התגרות. בנוסף, הורדו יושבי האוטובוסים במקומות שונים, ללא אמצעים כספיים שיאפשרו להם לחזור הביתה וכאמור גם טלפונים כדי שיוכלו להתקשר להוריהם. לאחר דיווחים ביקורתיים בתקשורת על החרמת הטלפונים, הורתה במשטרה שלא להחרים עוד. המחלקה לחקירות שוטרים צפויה לחקור את הטענות.

דוברת המשטרה מירב לפידות מסרה בתגובה: "משטרת ישראל הגיעה לעמונה לבצע את משימת פינוי היישוב שהוטלה עליה. את פני השוטרים שבאו לבצע את משימתם קיבלו חבורות נערים פורעי חוק שהשליכו אקונומיקה וחומרים כימיים לתוך עיניהם של השוטרים. לא זאת בלבד, אלא גם בסלעים שהושלכו על ראשיהם ובעיטות שאף גרמו לשבר ברגלו של שוטר. צעירים אלו פונו ופוזרו בצמתים מרכזיים על-מנת לאפשר להם תחבורה ציבורית לכל רחבי הארץ. חלקם אף יצרו במהלך הפיזור באוטובוסים פרובוקציה כאשר הם מצלמים את ההתפרעות וההתגרות בשוטרים. המכשירים הניידים שלהם נלקחו על-מנת למנוע התלהמות ופגיעה בשוטרים במהלך הנסיעה והוחזרו להם מייד עם הגעתם לנקודת הפיזור".

חבר הכנסת בצלאל סמוטריץ' (בית היהודי) ממשיך לשהות במקום. הוא מנסה לתווך ולהרגיע את השטח. בראיונות אמר כי אם הממשלה לא תאשר את חוק ההסדרה - היא תתפרק. "אם חוק ההסדרה לא יעלה בשני לא תהיה ממשלה. אומר את זה בשמי ובשם השר בנט", דבריו. סמוטריץ' התייחס בראיון לגל"ץ גם לסיכויי החוק לעבור בבג"ץ ואמר שאם ייפסל תחוקק הממשלה פסקת התגברות.

בשיחה התנצל חבר הכנסת סמוטריץ' בפני מפוני עמונה. "אני בשלטון שנאלץ באונס כפוי של הרשות השופטת לעשות משהו, שהוא הפוך ב-180 מעלות למדיניות הממשלה". כמו-כן, סמוטריץ' דבק בהשוואה בין פינוי עמונה לאונס: "שמח שהצלחתי אתמול לזעזע לא מעט צבועים בכל מיני מערכות".