מנכ"ל משרד הביטחון, אודי אדם, זימן (יום ד', 22.3.17) את ראשי המכינה הקדם צבאית בעלי לשימוע תוך דרישה להפסיק את פעילותו של הרב יגאל לוינשטיין כאחד מראשי המכינה ובאיום להסיר את המכינה מרשימת ישיבות ההסדר אם לא ייעשה כן. השימוע צפוי להתקיים בלשכת מנכ"ל משרד הביטחון בעוד כשבוע, ב-30 במרס 2017.

המכתב החריף נשלח לאחר פרסום דברים בוטים שאמר הרב לוינשטיין נגד גיוס צעירות דתיות לצה"ל. "כפי שנמסר לכם, הן בתכתובות קודמות, והן בשיחות שקיימו עמכם, ההשתלחויות הקשות החוזרות ונשנות של הרב יגאל לוינשטיין נגד נשים המשרתות בצה"ל ונגד אוכלוסיות אחרות של משרתים [הכוונה להומוסקסואלים, א.ו.] פוגעות פגיעה קשה בצה"ל ובאוכלוסיות המשרתות בו, בערכי צה"ל ומדינת ישראל וכן בסמכות מפקדי צה"ל, בלכידות השירות ובפיקוד על המשרתים", כתב במכתב שמוען לשותפו של הרב לוינשטיין בראשות המכינה בעלי, הרב אלי סדן.

לטענת מנכ"ל משרד הביטחון, הכללת הרב לוינשטיין בסגל ישיבת ההסדר בעלי מעלה חשש שחניכי הישיבה, שהם חיילים בשירות משולב, נחשפים לדעות שלו, הפוגמות במטרות הלימודים בישיבת ההסדר ובתוכנית הלימודים שלה הכוללת לדבריו חינוך לשירות ערכי ומלא בצה"ל וכיבוד הפיקוד של צה"ל וכלל המשרתים בו.

"התכנים שהובאו על-ידי הרב לוינשטיין בהשתלחויותיו האמורות בצה"ל ובמשרתים בו, אינם דברים ששר הביטחון ומערכת הביטחון סבורים כי על תלמידי ישיבת ההסדר ותלמידי המכינה הקדם צבאית לשמוע במסגרת לימודיהם - לא מבחינת תוכנם ולא מבחינת סגנונם", טען. עוד הוסיף אדם כי למרות שיחת בירור שערך עם הרב לוינשטיין לפני מספר חודשים - פורסמו בשבועות האחרונים דוגמאות נוספות להתנהגותו. לטענתו, שר הביטחון פנה אל הרב לוינשטיין ודרש את התנצלותו ואת עזיבת תפקידיו במוסדות עלי, אך עד כה בחר הרב שלא לעשות כן.

מנכ"ל משרד הביטחון הודיע עוד לרב אלי סדן כי שר הביטחון, אביגדור ליברמן, מתכוון לבטל את האבחנה שנהוגה כיום בין מוסדות המכינה בעלי לבין מכינות קדם צבאיות אחרות בכל הנוגע למכסות דחיית שירות לחניכים בשנת הלימודים השנייה שלהם, ובמכסות מעבר של חניכים בתוך מוסדות עלי ולמוסדות אחרים. זאת, בשל הפגיעה בשוויון אל מול כלל המכינות הקדם צבאיות האחרות שלא זוכות לתנאים אלו.