הממונה על התקציבים במשרד האוצר, קובי הבר, הודיע (ה', 27.5.04) כי השקעת המדינה בחברת הרכבת, בסכום של כ-20 מיליארד ש"ח, תיכלל במסגרת ההוצאה הממשלתית המשמשת לצורך חישוב הגירעון בתקציב המדינה.
כ-11 מיליארד מסכום זה אמורים היו להירשם כהשקעה בהון מניות, ללא השפעה על הגירעון התקציבי. ואולם, על-פי ההחלטה לעיל ירשמו הוצאות אלו כהוצאה תקציבית.
משמעות ההחלטה היא כי היקף הרישום בהוצאה בסעיף זה לשנת 2004 הינו 1.9 מיליארד ש"ח, והשפעתו על הגירעון תהיה כ-0.3%. הממונה על התקציבים הדגיש כי גם לאחר ביצוע הפעולה שלעיל תעמוד הממשלה ביעד הגירעון המתוכנן, בשיעור של 4% מהתמ"ג (תוצר מקומי גולמי).
לפי החלטת הממשלה מאוקטובר 2003, ובהתאם להסכם פיתוח שנחתם בין המדינה לחברת הרכבת, תבצע חברת הרכבת בשנים 2003-2008 תוכנית פיתוח רב שנתית בהיקף של 20 מיליארד ש"ח.
התוכנית תכלול שדרוג של מערכת מסילות קיימת והקמה של קווי רכבת חדשים. הקצאת המקורות תיפרס על פני תקופה של 6 שנים, עד שנת 2008.
הממונה על התקציבים הדגיש כי החלטה זו מציבה את ישראל בשורה אחת עם מדינות האיחוד האירופי, בהתאם לתקינה הסטטיסטית המחמירה שמכתיב היורוסטאט (Eurostat) למדינות החברות באיחוד.
