ועדת החקירה האמריקנית לפיגועי ה-11 בספטמבר חשפה (יום ד', 16.6.04), כי מנהיג ארגון אל-קאעידה, אוסאמה בן לאדן, הורה תחילה לבצע את פיגועי המטוסים בעת ביקורו בוושינגטון של ראש ממשלת ישראל, אריאל שרון.
מפרטי חקירות עצורי אל-קאעידה עולה כי במחנות האימונים של הארגון באפגניסטן בהם הוכשרו 20 אלף טרוריסטים, נשקלו דרכים רבות לביצוע רצח המוני. כמה מההצעות: להשתלט על ספינת טילים רוסית ולאלץ את צוותה לשגר טיל גרעיני לעבר ארה"ב; פיזור גז חרדל או ציאניד לעבר מטרות יהודיות באירן; שיחרור גז רעיל במערכות איוורור של בניינים.
עוד קבעה הועדה, כי בניגוד לטענות הממשל האמריקני, אין כל הוכחה לכך שסדאם חוסיין סייע לארגון אל-קאעידה.
"בן-לאדן פנה בבקשת סיוע לסדאם חוסיין כשם שפנה למנהיגי סודן, אירן ואפגניסטן ולכל מנהיג אחר בו ראה כמועמד מתאים לסיוע להקמת צבא מוסלמי", נאמר בדוח הביניים שהוגש היום.
הועדה מצאה עדויות לפגישה אחת של קצין מודיעין עירקי עם אוסאמה בן-לאדן. הפגישה התקיימה בשנת 1994. אין הוכחה לקשר מעבר לזה.
אין כל הוכחה למדינה שתמכה כספית בארגון אל-קאעידה, למעט ממשלת הטאליבן באפגניסטן.
ועדת החקירה מצאה עוד, כי ארגון אל-קאעידה תכנן תחילה לחטוף 10 מטוסים ולפגוע גם במתקנים גרעיניים, במטות המרכזיים של ה-CIA וה-FBI, ובמבנים גבוהים בקליפורניה ובוושינגטון. אולם מנהיג הארגון, אוסאמה בן-לאדן החליט להסתפק בארבעה מטוסים בלבד.
"אל-קאעידה מעוניין מאוד לבצע פיגועים ביולוגיים, כימיים וגרעיניים", מזהירה הועדה אשר הוסמכה לבדוק כיצד נכשלה ארה"ב במניעת פיגועי הטרור בהם נרצחו כ-3,000 בני אדם, וכיצד ניתן למנוע הישנותם של מחדלים דומים [ראו קישורים].
