בעקבות הפיגוע שאירע אמש בעיר באר שבע, בו נהרגו 16 בני אדם, הודיע (יום ד', 1.9.04) הרב יחיאל אקשטיין, נשיא הקרן לידידות, לראש עיריית באר שבע, יעקב טרנט, כי הקרן מעמידה כחצי מיליון ש"ח באמצעות 'קופת הידידות' בעיר לטובת טיפול מיידי בנפגעי הטרור ובמשפחותיהם.
הרב אקשטיין אמר, כי "המצוקה הקשה אליה נקלעו נפגעי הטרור נגעה מאוד ללבנו וללב התורמים שלנו - ברובם נוצרים אוהדי ישראל. החלטנו להירתם ולסייע בתרומה כספית, שתאפשר, ולו מעט להקל על מי שנקלע למצוקה כלכלית בעקבות הפיגוע".
פרויקט "קופת ידידות לאומית", אשר הושק במאי 2003, מעמיד יותר מ-20 מיליון ש"ח לטובת מחלקות הרווחה ב-96 ערים ורשויות מקומיות ברחבי הארץ, על-מנת לתת מענה לפתרון מצוקות בתחום הרווחה. בשנים האחרונות העניקה הקרן לידידות מיליוני שקלים לעיריית באר שבע במסגרת מבצע "קופת הידידות הלאומית" ולטובת פרויקטים נוספים בתחום הרווחה וקליטת העלייה בעיר.
