איכות הסביבה נחשבת בישראל בדרך כלל לעניין שבשולי הכותרות, מפעלים שונים מזהמים את הסביבה ומסכנים חיי-אדם כדבר שבשגרה.
בגזר דין חמור במיוחד הטיל ביהמ"ש השלום בפתח תקוה על קיבוץ גבעת השלושה קנס בגובה 200 אלף שקלים, בשל גרימת מפגעים סביבתיים.
הנאשמים, בהם האגודה השיתופית שניהלה את רפת הקיבוץ, ומנהלי הקיבוץ, הואשמו כי בתאריכים שונים בשנים 2000-2002 ניהלו את הרפת באופן שבו לא טופלו שפכי הרפת כנדרש. ערמות זבל היו מונחות על קרקע חשופה, דבר שגרם להזרמת השפכים לכיוון תעלת הניקוז המתנקזת לנחל שילה ולירקון. הקיבוץ פעל ברשלנות רבתי, כך למשל, חלקים גדולים משטח הרפת היו חשופים וללא סככה, ללא מרזבים תקינים, וזבל הבקר היה זמין להישטף ונשטף עם הגשם.
הרפת נמצאת באזור בעל רגישות הידרולוגית גבוהה, כקילומטר מאזור נביעות ראש העין, באגן ירקון ותנינים, מקום בו פרוסים קידוחי מים רבים.
נגד הנאשמים נטען, כי לא נמנעו מפעולות הגורמות או עלולות לגרום לזיהום מים, כי לכלכו את רשות הרבים, כי הפעילו עסק טעון רישוי ללא רשיון עסק, ועברו עבירות על חוק המים, חוק שמירת הניקיון, וחוק רישוי עסקים.
אחד הנאשמים, הינו יואל מרשק, העומד בראש האגף למשימות לאומיות בתנועה הקיבוצית. הוא התפרסם בעבר בשורה של אירועים ציבוריים - מסיוע למסע של ויקי כנפו, דרך עידוד בני המשקים ללכת למסלול קצונה בצבא, ועד לסיוע לחקלאי גוש קטיף בפירוק החממות שלהם, ערב פינוים.
בית המשפט אימץ הסדר טיעון בין הצדדים, לפיו הורשעו הקיבוץ וגזברו על סמך הודאתם, בעבירות המיוחסות להם בכתב האישום. שלושה נאשמים אחרים, בהם מרשק, נמחקו מכתב האישום. על הקיבוץ הוטל קנס בסך 200,000 ש"ח, והתחייבות כספית בסך 300,000 ש"ח שלא לעבור את העבירות בגינן הורשע למשך 3 שנים, בכל הקשור לעבירה על דיני איכות הסביבה.
בנוסף, ניתן צו לסגירת הרפת, שיכנס לתוקפו ביום 1.10.06, אלא אם עד למועד זה יושלמו כל עבודות שיקום הרפת על-פי דרישות הרפורמה והתוכניות שהגיש הקיבוץ ואשר אושרו ע"י המשרד לאיכות הסביבה.
כמו כן, ניתן צו לפיו עד ליום האמור יפונה זבל הפרות מן הרפת באמצעות גורם מאושר ע"י המשרד לאיכות הסביבה. על גזבר הקיבוץ, איתן פרידמן, שהורשע אף הוא בכתב האישום, הוטל קנס בגובה 5,000 ש"ח והתחייבות בסך 10,000 ש"ח שלא לעבור משך 3 שנים עבירות בגינן הורשע, בכל הנוגע לעבירות על דיני איכות הסביבה.
מהמשרד לאיכות הסביבה שהגיש את התביעה כנגד הקיבוץ נמסר ל- Nfc כי "הקנסות יועברו לקרן לשמירת הניקיון".