כאזרחי המדינה, מקבלים הבדואים יחס שונה מזה של אזרחיה היהודים. מאז הוסר הממשל הצבאי ב-1966, ניהלו אותם גופים שונים. מאז 1986 זו "המנהלה לקידום הבדואים" הפועלת מתוך מנהל מקרקעי ישראל. גוף אחר העוסק בשיטור הוא "הסיירת הירוקה" שהוקמה ב-1976 "כדי לשמור על קרקעות המדינה" שחלק מתפקידיה כרוך בשימוש בכוח, כולל הריסת בתים והחרמת עדרים. תחום השלטון המקומי בעיירות הועבר לידי הבדווים רק בשנת 2000, אז הותרו בחירות מקומיות.

שבע העיירות שהוקמו על-ידי המדינה מאז שנות ה-70, נבנו ותוכננו בסטנדרטים נמוכים, המעידים כי מטרת ההקמה הייתה לשם דחיקת יושביהם מהאדמות ולא כדי להיטיב את מצבם. הן כולן נמנות על האשכול החברתי-כלכלי הנמוך ביותר: 1 מתוך 10. תקציביהן המוניציפליים מהנמוכים בישראל, הן חסרות תשתיות ראויות ומקורות תעסוקה ורמת השירותים בהן נמוכה מאוד. הן הוקמו ללא שטחי תעשייה ומסחר ושטחי השיפוט שלהן קטנים ללא עתודות שטח להתרחבות.

כמחצית ממאה ותשעים אלף הבדואים מתגוררים ביישובים לא מוכרים (ראו במפה) משום שאינם מוכנים לוותר על אדמותיהם והמדינה אינה מוכנה להכיר בזכותם עליהן ומציעה פיצוי דל. היישובים אינם מופיעים במפות הרשמיות של המדינה, כולל במפות התכנון. הבדואים היושבים בהם הם בבחינת "אזרחים שקופים", כפי שמציינים במרכז אדו"ה. בהיותם בלתי-מוכרים: הם מקבלים שירותי חינוך, בריאות רווחה מעטים ואין פינוי אשפה, תשתיות, שלטון מקומי ומבני ציבור. על מגוריהם מאיימת סכנת הריסה. 50% מכלל התושבים מצויים מתחת לקו העוני.

כדי להשיג הישגים במאבקיהם להכרה התאגדו הבדואים והקימו ב-1997 את "המועצה לכפרים הבדואים הלא מוכרים". היא הורכבה מראשי הוועדים המקומיים והכינה תוכנית אב שהוגשה למוסדות התכנון. עצם העובדה שחברי המועצה התקבלו לפגישה אצל ראשי הממשלה אהוד ברק ואריאל שרון, מעידה על מתן לגיטימציה מסוימת לגוף זה.

בעת כהונתו של אהוד ברק כראש ממשלה, בשנת 2000, הוחלט על הקמתה של מועצה אזורית חדשה, מועצת אבו בסמה, האמורה לכלול כעשרה יישובים חדשים ללא שטח רציף ביניהם. בראש המועצה עומד נציג משרד הפנים, עמרם קלעג'י. הכנת תוכניות המתאר מקודמות באיטיות רבה ומעכבות כל אפשרות של הטבה במצב הקשה השורר ביישובים.

הכרה זו מותירה כ-36 יישובים לא מוכרים, שרבים מהם משמרים את שמם ההיסטורי המעיד על רצף המגורים של הבדואים במשך מאות שנים. צעד חשוב באותה שנה נעשה בפסיקת בג"צ שהטילה על רשויות התכנון לתכנן לבדווים גם התיישבות כפרית ולהביא בחשבון הכרה בכפרים הלא מוכרים. אך כל ההחלטות קיימות עדיין על הנייר בלבד. הישג חשוב נוסף באותה שנה טמון בהחלטה שקראה לגיבוש תוכנית - בשיתוף עם האוכלוסייה הבדואית - להקמת מרכזי שירותים, בהתאם להחלטתה של המועצה לכפרים הלא מוכרים. גם בימי ראש הממשלה אריאל שרון ב-2003 נקבעה תוכנית רב-שנתית לטיפול בבדואים, שאימצה את ההחלטות של קודמו, אך עסקה בעיקר באכיפה, חיזוק והקמה של גופי שיטור, שאליהם הופנו כ-40% מהתקציב.