תקציב הבריאות - אחד הסעיפים הגדולים בתקציב המדינה - מוצג לכנסת ולציבור בצורה חלקית, המקשה על הבקרה וקביעת סדרי העדיפויות. כך מגלה (יום ג', 5.5.15) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

שפירא אומר, כי משרדי הבריאות והאוצר קובעים את תקציב 11 בתי החולים הכלליים-ממשלתיים על בסיס היסטורי, לפי היעדים של השנה הקודמת, ללא בדיקה מקיפה של הצרכים בפועל של בתי החולים באיזורים השונים בארץ. ספר התקציב אינו משקף את תוכניות העבודה התקציביות שקובע משרד הבריאות לבתי חולים אלו ולא את התקציב שלהם בפועל, הן מהיבט ההכנסות והן מהיבט ההוצאות, ויש פערים משמעותיים בין תוכניות העבודה של בתי החולים לתקציב שאושר להם.

קופות החולים מתנהלות בשנים האחרונות בנסיבות קבועות של מצוקה תקציבית. על כך עמדו גם בג"ץ, בנק ישראל, מועצת הבריאות והוועדה המייעצת לחיזוק מערכת הבריאות הציבורית (ועדת גרמן). המדינה מעבירה לקופות החולים מדי שנה מקדמות למימון פעולותיהן בסכום של מאות מיליוני שקלים, ובמקרה אחד - יותר ממיליארד שקל. המקדמות כלולות בתקנה תקציבית מסוימת, אך שם התקנה אינו מצביע על היכללותן בה ויש בכך משום פגיעה בשקיפות התקציב.

הסכמי הייצוב עם הקופות לכיסוי הגירעונות שלהן נחתמים באיחור ניכר, והחתימה המאוחרת מותירה את הקופות בחסר תקציבי ובאי-ודאות. יעדי האיזון הכספי אינם נקבעים לאחר ניתוח ותכנון מושכל של מטרות שמשרד הבריאות רוצה שהקופות יעמדו בהן, אלא נגזרים מהתוצאות הכספיות שהקופות כבר השיגו בפועל. מצב זה מקשה על משרד הבריאות למלא באופן מיטבי את תפקידו כמאסדר (רגולטור) של מערכת הבריאות.

כמו-כן נמצא, כי משרדי הבריאות והאוצר אינם מיידעים את הכנסת על תוספות תקציביות חד-פעמיות שאושרו עוד לפני אישור התקציב, אף שלעיתים תוספות אלה הן משמעותיות ומתפרשות על פני כמה שנים. יוצא שלכנסת מוצגת תמונה חלקית בלבד של תקציב משרד הבריאות. הצגה חלקית כזו פוגעת בשקיפות התקציב ועלולה לפגוע ביכולת של מקבלי ההחלטות להגיע להחלטה מיטבית בעת אישור התקציב. הדבר גם מגביל מאוד את יכולתו של הציבור לעמוד על סדרי העדיפות הלאומיים בהקצאת תקציב המדינה.

עוד נמצא, כי התקציב המוצג לכנסת הוא של בתי החולים בלבד, ותקציב תאגידי הבריאות של אותם בתי החולים, שאינו מתקציב המדינה, אינו מוצג אפילו בדברי ההסבר לתקציב. יוצא, שבממוצע 22% מתקציב כל המרכזים הרפואיים הכלליים-ממשלתיים אינו מוצג לכנסת, ומוצגת לה תמונה חלקית בלבד של תקציב בתי החולים הממשלתיים.

כפל תשתיות במערכת הבריאות. משרד הבריאות לא קבע תכנון לאומי לגבי חלוקת האחריות לפעילות הרפואית בין בתי החולים ובין הקהילה, דבר הפוגע ביכולת לקבוע תקציב יעיל למערכת הבריאות. בשנים האחרונות מעודד משרד הבריאות את קופות החולים לפתח שירותי בריאות בקהילה, אולם פיתוח התשתיות אינו מתואם והוא נעשה, בין היתר, משיקולי עלות נקודתיים של גוף זה או אחר וללא בדיקת צורכי הבריאות הלאומיים. כך נוצר לעתים כפל תשתיות, המוביל לאי-ניצול מלוא הפוטנציאל של התשתיות הקיימות. כפל תשתיות קיים גם בבתי חולים סמוכים גאוגרפית, על-אף החשיבות בקיום של איזון בין המספר הראוי של ספקי השירות לבין העלות הכרוכה בהקמת השירות ובאחזקתו.

הפעלת שר"פ בבתי החולים. משרד הבריאות הודיע למשרד מבקר המדינה בשנת 2012 כי יפיץ בתחילת שנת 2013 נהלים להפעלת שר"פ (שירותי רפואה פרטיים) הנהוג בבתי חולים ציבוריים, אך עד נובמבר 2014 הוא לא הפיץ את הנהלים. בהעדר נהלים שיסדירו את השר"פ, עלולים שירותי הבריאות במערכת הציבורית להיפגע.