הרב הראשי לישראל מבקש מהפרלמנט הארופי לשוות לבתי כנסת ביבשת מעמד דומה לזה של שגרירויות. הרב יונה מצגר הפנה את הבקשה לנשיא הפרלמנט האירופי, שביקר בישראל (ד', 30.5.07).
הנשיא האנס גרג פוטרינג נועד עם הרבנים הראשיים לישראל בירושלים. הרב מצגר אמר לו כי הוא הזדעזע למשמע הבשורה הקשה על שריפת בית הכנסת בז'נבה וחילולו, והציע כי הפרלמנט האירופי יחוקק חוק המשווה לבניין בית כנסת מעמד של בניין שגרירות – שטח חוץ טריטוריאלי - שפגיעה בו תיחשב כפגיעה ישירה במדינה.
הרב מצגר חזר בפגישה על רעיון
אותו העלה בעבר, ולפיו יוקם מעין "או"ם של דתות" בו ייפגשו כל ראשי הדתות מכל רחבי תבל, גם ממדינות שאינן בקשרים דיפלומטיים עם ישראל, ויתקבלו בו החלטות שיקדמו את השלום, הסובלנות, וההבנה ההדדית. "הדבר יכול להועיל למניעת אלימות ולצמצום האנטישמיות כלפי היהדות ובמקביל לקדם אינטרסים של כל הדתות" אמר הרב הראשי. הנשיא שיבח את הרעיון, ואמר כי ישקול להקים מוסד שכזה וייתכן אף בבית הפרלמנט האירופי.
לרבנים הראשיים סיפר הנשיא כי הסכסוך במזרח התיכון תופס מקום נכבד מאוד בסדר יומו וכי הוא מאמין כי בחתירה מאומצת ניתן לכונן שלום אמיתי בין ישראל לפלשתינים. הרב מצגר הזכיר בפני הנשיא כי בכל פגישותיהם של הרבנים הראשיים עם מנהיגים הם דורשים את התערבותם בהשבת החיילים החטופים. "אנו יודעים כי יש לך האפשרות לסייע בהשבתם". הרב שלמה עמאר ציין בפניו את העובדה כי טרם התקבל אות חיים מהחטופים. נשיא הפרלמנט השיב לרבנים כי בנאומו בכנסת הוא מתכוון לציין את החובה של לבנון והחמאס להשבת החיילים, אך עם זאת לדבריו, הוא מתכוון לדרוש מישראל לשחרר את חברי ממשלת החמאס הכלואים בישראל.
גם פצצת האטום האירנית עלתה בפגישת הרבנים הראשיים עם הנשיא. פוטרינג התבטא בחריפות נגד אחמדינג'אד, ואמר: "לא נשקוט ולא נניח לנשיא אירן. מבחינתנו הוא מכחיש שואה המנסה לדחוק את ישראל לקרן זווית. אני מאמין כי עדיין ניתן לפעול נגד אירן באמצעים דיפלומטיים".
נשיא הפרלמנט אמר כי הוא רואה כחלק מתפקידו לסייע לדו-קיום בן תרבויות ודתות באמצעות דיאלוג אמיתי, וסובלני, ובמיוחד באזור המזרח התיכון. הראשון לציון הרב עמאר ציין כי הוא מודע לפועלו של נשיא הפרלמנט, וכי הוא מעריך מאוד את הרצינות והכנות שמלווה את עבודתו. הוא התריע בפניו מפני טשטוש האמת, ואמר: "שלא יציגו בפניך חלופות לאמת. אמת יש רק אחת!" .
בתום המפגש ביקש נשיא הפרלמנט מהרבנים ברכה אישית עבורו ועבור משפחתו.