על-פי דוח צוות "פרויקט דניאל" האיומים הצפויים לישראל מצויים בשני תחומים. האחד: פתיחת מלחמה קונוונציונאלית על-ידי קואליציה של מדינות ערביות בשיתוף אירן או בלעדיה. השני: איום בהתקפה באמצעות שימוש בנשק השמדה המוני - אטומי, ביולוגי או כימי - אם באמצעות מהלומת התקפה ראשונה או על-ידי הידרדרות ממלחמה קונוונציונאלית.

משני הטעמים האלה ממליצה ועדת "פרויקט דניאל":

• על ישראל לעשות כל שביכולתה למנוע היווצרות קואליציה עוינת שלרשותה יעמדו כלי נשק להשמדה המונית. אחת הדרכים למניעה כזו היא שיגור מכת-מנע נגד מדינות העומדות להתחמש בנשק להשמדה המונית.

• ישראל חייבת להמשיך במדיניות העמימות הגרעינית שלה כדי למנוע מאויביה את השימוש בטיעון, כי אם לטענתם לישראל יש נשק גרעיני, מותר גם להם לאחוז בנשק כזה. עם זאת יתכן כי בעתיד תיאלץ ישראל לשנות את מדיניות העמימות למידה מוגבלת של חשיפת יכולותיה. שינוי כזה יתכן רק אם אויביה של ישראל (מדינות או ארגוני טרור) יצליחו לפתח או לרכוש יכולת גרעינית.

• ישראל לא תוכל להתקיים אלא אם תמשיך לקיים מדיניות של הרתעה גרעינית אמינה והחלטית, כולל יכולת הגנה נגד מתקפה גרעינית, לטענת המחקר, באמצעות טילים בליסטיים. מדיניות כזו יכולה להתגבש סביב נקודת המוצא של הרתעה לפני מעשה ולא מיתקפה לאחר מעשה.

• על ישראל לגבש לעצמה לפחות 15 מטרות אסטרטגיות חשובות במדינות עוינות במזרח התיכון.

כאשר חברי הצוות של "פרויקט דניאל" הציגו בפני שרון את המלצותיהם הם ביקשו להבהיר את גודל האיום האיסלאמי על ישראל ופירטו את הנתונים הבאים: העולם הערבי כולל 22 מדינות ואוכלוסיה של 144 מיליון תושבים. אם תקום מדינה פלשתינית היא תהיה ה-23 במספר. לעומת זאת העולם האיסלאמי כולל 44 מדינות ובהן יותר ממיליארד תושבים. שטחן של המדינות האלה גדול פי 672 משטחה של ישראל.

חברי הצוות קובעים כי העתיד האסטרטגי של ישראל מתבסס על ההנחה שהאיום של מיתקפת השמדה נגד ישראל נובע מ"התנגשות ציוויליזציות" ולא רק בגלל חילוקי דעות אסטרטגיים. הן ישראל והן ארה"ב - קובעים חברי הצוות - נתונות בעיצומו של ג'יהאד ערבי/איסלמי הנובע מאמונה דתית עמוקה, וכי אין לישראל סיכוי להגיע למצב של "חיים בשלום זה בצד זה" עם הפלשתינים או "הסדר בתנאים של שלום".

בסיכום הדוח נכתב כך: "מולנו ניצבים אויבים "בלתי רציונאליים" - מדינות או ארגוני טרור - החמושים בנשק גרעיני או ביולוגי והם מתכננים לעשות בו שימוש. נוכח מצב זה אין להוציא מכלל אפשרות, שישראל תיקלע ל"מצב מלחמתי" לא מול מדינת אויב מוגדרת אלא נגד גוף לא-מדינתי שיפעיל "מחבל מתאבד" וישמש "הדק" לפריצת מלחמה שמטרתה "לחסל את הסרטן הציוני". במקרה כזה לא תוכל ישראל לממש את היכולות הגרעיניות שלה נגד "כתובת" מדינתית, כיוון שלא תהיה לה מדינה שאותה אפשר יהיה לסמן כיעד האחראי למתקפת הטרור. מן הטעם הזה ממליץ הצוות שעל ישראל לפתח מדיניות מעשית ואפקטיבית של מכת-מנע.

העתיד האסטרטגי של ישראל - כותבים עוד חברי הצוות - תלוי במידה רבה בשגשוגה של הכלכלה הישראלית. ברור לחלוטין כי הוצאה חלק הולך וגדל של התוצר הלאומי הגולמי הישראלי לצרכי ביטחון תשפיע לרעה על כלכלת המדינה. הגדלת הנטל הביטחוני מעל ל-7% מהתל"ג עלולה לגרום לפגיעה חמורה בעוצמתה של המדינה.

חברי "פרויקט דניאל" מכירים בעובדה שישראל ניצבת כיום בפני בידוד הולך וגובר בקהיליה הבינלאומית ועל כן - כך הם קובעים - תצטרך ישראל, יותר מאשר אי פעם בעבר, לסמוך רק על יכולותיה ומשאביה.