מן השב"כ נמסר בתגובה כי קדמה למעצרו של פרלמן ולחקירתו חקירה סמויה ממושכת שהתנהלה בדרכים שונות והובלה על-ידי שב"כ בתיאום עם פרקליטות המדינה, ורק בהמשך לה הוחלט על מעצרו. במהלך חקירה זו עלו חשדות כבדים, חלקם מבוססים על התבטאויות שלו עצמו, באשר למעורבותו האישית של פרלמן בסדרת פיגועי הרצח והדקירה וכן מעורבות בעבירות חמורות נוספות.

השב,כ הדגיש כי חקירתו של פרלמן הייתה מורכבת וכללה הליכים משפטיים מרובים בכל ערכאות השיפוט, והתנהלה תחת ביקורת שיפוטית וכן תוך מעורבות של הפרקליטות. "במהלך החקירה ניתנו לנדון הזדמנויות רבות להציג את גרסתו, אך הוא בחר שלא למסור אותה, ולא הגיב כלל לחשדות שהופנו כלפיו על-ידי חוקריו. בשלב זה, לא נתגבשו די ראיות על-מנת להעמיד לדין את פרלמן. יחד עם זאת, החשדות כנגדו לא הוזמו, ולהערכת שב"כ פרלמן נותר חשוד מרכזי בביצוע הפיגועים. שירות הביטחון הכללי רואה בחומרה ביצוע מעשי טרור, יהא אשר יהא מקורם, וימשיך לפעול בכל הכלים העומדים לרשותו בחקירת האירועים החמורים הללו - גם אם מדובר באירועים שהתרחשו לפני למעלה מ-10 שנים", לשון התגובה.