אין אמת בטענותיו של מבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, לפיהן ביקש מספר פעמים להרחיב את החקירה הפלילית בפרשת הרפז. כך טוען היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, במכתב ששיגר אל המבקר. המכתב הוגש על-ידי המבקר במסגרת תשובתו לבית המשפט העליון לעתירה שהגיש אלוף ארז וינר (יום ה', 31.5.12).

החקירה בפרשת הרפז הייתה בתחילתה משטרתית, בעקבות תלונתו של היועץ האסטרטגי יובל ארד שהמכתב המזויף נשא את שם משרדו. הפרקליטות ניסתה להגיע לסיכום עם הרפז שימנע את העמדתו לדין, ככל הנראה כדי למנוע חשיפת פרטים ביטחוניים, אך הוא סירב. הרפז קיבל עד כה לפחות שני שימועים, והגשת כתב האישום נגדו מתעכבת עד לפרסום דוח המבקר בפרשה.

לינדנשטראוס החל את בדיקתו מאוחר יותר, והוא הרחיב אותה גם למכלול היחסים בין לשכותיהם של שר הביטחון, אהוד ברק, והרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי. הדוח בפרשה אמור להתפרסם לפני שלינדנשטראוס יסיים את תפקידו בעוד חודש, אך הוא מתעכב בשל עתירתו לבג"ץ של מי שהיה ראש לשכתו של אשכנזי, אל"מ ארז וינר.

וינשטיין כותב ללינדנשטראוס:

• 
  "לכל אורך הפרשה, מראשיתה ועד סופה, במגעים שהתקיימו ביני לבינך ובין אנשי הפרקליטות לעובדי משרדך, לא נשמעו על-ידך או על-ידי מי מאנשיך טענות על היבטים פליליים. טענות שכאלה לא נשמעו - לא במפורש ולא במרומז, לא בכתב ולא בעל-פה".
  

וינשטיין מונה במכתבו את כל הפגישות שהתקיימו בין המבקר ואנשי משרדו לבין אנשי הפרקליטות, ובראשם וינשטיין עצמו ופרקליט המדינה, משה לדור. לדבריו, בשום הזדמנות לא אמר לינדנשטראוס, כי יעביר את הדוח לידי היועץ המשפטי בהתאם לסעיף 14 לחוק מבקר המדינה - הדן בהעברת ממצאים המעלים חשדות לפלילים.