משרתי הקבע הם יעד נוח לפגיעה בשכרם ובתנאי שירותם, משום שאינם נהנים מזכויות רגילות של עובדים. כך אומר (10.6.14) הפרקליט הצבאי הראשי, אלוף
דני עפרוני, בדברי הפתיחה לדוח השנתי של הפרקליטות הצבאית לשנת 2013.
לדברי עפרוני, הדיונים על הקיצוץ בתקציב הביטחון הבליטו את הקושי המשפטי בהגנה על משרתי הקבע, אשר בהעדר היכולת להתארגן ולשבות, "משמשים לא אחת כמקור נוח לחיסכון תקציבי". מעבר לגזירות הכלכליות המוטלות על כלל אזרחי ישראל, הוא ממשיך, "מבקשים להשית [עליהם] גזירות ייחודיות, אשר מסתכמות לעיתים באחוזים רבים מתוך שכרו של כל משרת". לפיכך, פועלת הפרקליטות הצבאית להגן עליהם ותפעל לעיגון ההגנה המשפטית על זכויותיהם.
בשנת 2013 הוגשו בצה"ל 7,300 כתבי אישום נגד חיילים ו-5,100 כתבי אישום נגד פלשתינים - עלייה של 16% ושל 26% בהתאמה. בין היתר נרשמו זינוק של 45% בתיקי הפעילות הטרוריסטית ביחס ל-2012 ושל 65% ביחס ל-2011. בתחום העבירות הפנים-צה"ליות, מצביעה הפרקליטות על החמרה ניכרת בענישה בגין עריקות ועל עלייה ניכרת בשימוש בסמארטפונים לביצוע עבירות, במיוחד של פגיעה בפרטיות.
עוד מצביעה הפרקליטות על מגמה הולכת וגוברת של ניסיונות להצר את צעדיו של צה"ל בתחום האימונים ביהודה ושומרון, תוך שימוש בהליכים משפטיים ויצירת הד תקשורתי. היא צופה שבשנה הקרובה יעלה הצורך להתמודד עם מאחזים בלתי חוקיים של יהודים ומאהלים בלתי חוקיים של פלשתינים ביהודה ושומרון, לצד הגברת המאבק נגד "תג מחיר".
בין כתבי האישום נגד חיילים, 52% היו בגין היעדרות מן השירות, 38% בגין עבירות תעבורה והיתר בעבירות אחרות. בין האחרונות בולטות עבירות במיוחד עבירות סמים (370 כתבי אישום) ואחריהן עבירות אלימות (55) ומין (20). בתיקים נגד פלשתינים היו הרוב עבירות ביטחוניות (36%) ושהייה בלתי חוקית בישראל (34%).