הסדרי הטיעון מייצגים מתח אמיתי בין הצדק ליעילות, שכן העובדות אינן מתבררות עד תום - דבר הפועל לא אחת כנגד הקורבנות. כך אומרת (יום א', 21.6.15) נשיאת בית המשפט העליון, מרים נאור, בכנס באוניברסיטה העברית לרגל פרישתו של הנשיא אשר גרוניס.

נאור הוסיפה: "אם עבירה של אונס הופכת למעשה מגונה, פירוש הדבר שאי מיצוי הדין פועל נגד הציבור, לא בעדו". אבל, הדגישה נאור, היא לא רואה מנוס מהסדרי טיעון, שכן בלעדיהם - הציבור ייפגע ביתר שאת, בשל העומס שיגרום לקטסטרופה. "השאלה היא מה המחיר שאתה משלם: עד כמה אפשר להפחית מהעבירות, עד כמה אפשר להפחית מהעונש. זו מלאכת שקלול קשה, שהרבה מהנטל בה מוטל על הפרקליטות".

לדעת גרוניס, "מי שטוען נגד הסדרי הטיעון - לא יודע מה שהוא מדבר. בלעדיהם, משפט פלילי יימשך חמש שנים במקום שנה, ועשר שנים במקום שלוש שנים, או שנסגור את בתי המשפט האזרחיים והשופטים ידונו אך ורק בתיקים פליליים, או שנגדיל פי שלושה-ארבעה את מספר השופטים". גרוניס מוטרד מהאפשרות של הרשעת חפים מפשע במסגרת הסדרים, אין לו תשובה לבעיה זו, אך החלופה גרועה יותר.

הנשיאה בדימוס דורית ביניש, שהייתה גם פרקליטת המדינה, סבורה שייתכן שיש מקום לעגן את הסדרי הטיעון בחקיקה. לדבריה, אין לחשוש מכך ש-80% מהתיקים מסתיימים בהסדרי טיעון ואפשר גם להעלות שיעור זה, בתנאי שתהיה הקפדה על הנהלים לעריכתם.

הנשיא בדימוס אהרן ברק הסכים עם עמיתיו: "עסק ביש, אבל אין ברירה". הוא ציטט את דברי הנשיא בדימוס מאיר שמגר, שקרא להגיע להסדרים על האחריות ולא על העונש, אך גרוניס וביניש הגיבו באומרם שהדבר יקטין בצורה דרמטית את מספר ההסדרים. לדעת ברק, ערכאת הערעור צריכה להיות יותר ליברלית בנכונותה לשמוע טענות של נאשם לפיה ההסדר נעשה שלא על דעתו.