מיקי גנור, עמו חתמה הפרקליטות על הסכם עד מדינה בפרשת כלי השיט, הודח במהך שירותי הצבאי בחיל-הים משייטת הצוללות בגלל חוסר אמינות. הדחתו בוצעה כחודש בלבד לאחר שנקלט בשייטת הצוללות כקצין בכיר. כך נודע ל-News1. מידע זה הובא לידיעת כמה עיתונאים שעסקו בפרשת כלי השיט, אך אלה נמנעו מפרסום מידע זה.

גנור הודח בהתאם להחלטה של מפקד השייטת, לאחר שנודע כי הוא מסר דיווח כוזב בעניין הנוגע לפעילות הצוללת. באותה תקופה פיקד על השייטת שאול חורב, שנודע כאחד העילויים בחיל-הים. חורב התמודד על תפקיד מפקד חיל-הים ׁ(ולא מונה) ונבחר ומונה לאחר פרישתו לראש הוועדה לאנרגיה אטומית.

גנור משמש כאמור כעד מדינה. כפי שחשפנו ב-News1, לאחר שנכרת עמו הסכם עד מדינה - במסגרתו התחייב להעיד נגד שורה של אישים תמורת הסדר טיעון המעניק לו הקלות, התברר כי הוא מסר קודם לכן במשך שמונה חודשים גרסאות מטהרות בפני עורכי הדין נתי שמחוני ורם כספי. עדויותיו הסותרות מלמדות כי מדובר ב"עד שקר". גם מידע זה צונזר על-ידי כלי התקשורת.

עם חשיפת עדויותיו המטהרות נקלעו הפרקליטות והמשטרה למבוכה גדולה. ברי כי בנסיבות אלה, יתקשו גורמי החקירה והתביעה עוד יותר מלעשות שימוש בעדויותיו המזגזגות, אלא אם יוכלו להשיג עדויות תומכות וראיות ומסמכים. הדחתו מהשייטת בגלל חוסר אמינות ישמשו לו כרועץ גם בעדותו בפרשת השייטת.