ביצוע הפרויקטים המרכזיים בתחום התחבורה הציבורית במטרופולין לחיפה, התעכב במשך שנים רבות, וחלק מהם לא קודמו במשך יותר משני עשורים. תהליך קבלת ההחלטות של משרד התחבורה לוקה בחסר ומאופיין בהשתהות יתרה. חלק מהעיכובים נבעו מהתמהמהות מקבלי ההחלטות במציאת פתרונות המאזנים בין שיקולי תכנון ארציים ומטרופוליניים לבין שיקולים מקומיים של רשויות מקומיות במטרופולין. כך קובע (יום ד', 13.3.19) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

בשנת 2015 הסתיים הסכם המסגרת בין משרד התחבורה לבין חברת יפה נוף, האחראית על רוב הפרויקטים בתחום התחבורה הציבורית בחיפה. אף שמשרד התחבורה תכנן לבצע באמצעות יפה נוף פרויקטי תח"צ רבים בשנים שלאחר סיום ההסכם, לא נחתם בין הצדדים הסכם מסגרת ארוך טווח, אלא ההסכם הקיים הוארך מפעם לפעם לכמה חודשים בכל פעם. מצב זה יוצר וסר ודאות הן בחברת יפה נוף והן בקרב גורמי המקצוע המלווים את הפרויקטים ומקשים על החברה להתארגן מראש לביצוע הפרויקטים.

מנגנון התשלום של משרד התחבורה לחברת יפה נוף נקבע על-פי שיעור מסוים (3% מסך התשלומים) מהערך הכספי של הפרויקט. לחברה, בהיותה הגורם המתכנן, המנהל והמפקח, יש השפעה על אופי הפרויקט, תכולתו, ועלותו. במנגנון זה יש בעייתיות מובנית - מצד אחד הצורך המקצועי לקבוע את מרכיבי הפרויקט בהתאם לדרישות הסבירות של מטרותיו, ומצד שני התמריץ הכלכלי של החברה להוסיף מרכיבים נוספים בפרויקט המגדילים את עלותו, שממנה נגזר שכרה.

הפעלת שלושת קווי המטרונית בחיפה והשינויים בתח"צ באוטובוסים קיצרו את זמן הנסיעה ל-17% מהנסיעות בגלעין חיפה ביותר מחמש דקות. עם זאת, עבור חלק ניכר (47%) מהנסיעות, קיצרו השינויים את הנסיעה בפרק זמן של עד חמש דקות, וב-35% מהנסיעות המצב לא השתנה לעומת שנת 2012.

במסגרת התוכנית האסטרטגית למטרופולין חיפה משנת 2012, לא בוצעה השוואה בין קווי המטרונית המתוכננים לבין חלופות טכנולוגיות שונות. כמו-כן, לא בוצעה בדיקת עלות מול תועלת בין אופציית הקמת קווים נוספים למטרונית לבין תגבור או הוספה של אמצעי תחבורה חלופיים, כגון הגדלה ניכרת של היקף שירותי האוטובוס, הקמה והפעלה של רכבת קלה או רכבת תחתית, והקמת דרגנועים כאמצעי משלים במקרים מסוימים. תוכניות ההקמה של קווי המטרונית החדשים לא עמדו בלוחות הזמנים שהוגדרו בתוכנית העבודה, וביצוע התכנון המפורט של רוב הקווים החל באיחור.

מאז השקת המטרונית בשנת 2013 ועד מועד סיום הביקורת, התארכו זמני הנסיעה של קווי המטרונית שנקבעו בהסכם, ובכך נפגעה איכות השירות. בבדיקת משרד המבקר עלו כמה סוגיות כבדות משקל שפוגעות בשירות לנוסע: תדירותם הלא-מספקת של הקווים, מספר המקומות הפנויים במטרונית, הצפיפות הגבוהה, אי-הנוחות בתיקוף הכרטיסים ואי-הנגשת שירותי המטרונית לבעלי צרכים מיוחדים.

מתן ההעדפה ברמזורים הוגדר כאחד משני המרכיבים המרכזיים בקיצור זמן הנסיעה של המטרונית. אף שבהסכם בין משרד התחבורה לבין יפה נוף נקבע, כי יותקנו מנגנוני העדפה ברמזורים ב-140 צמתים עוד לפני הפעלת המטרונית, הם הופעלו ב-19 רמזורים בלבד. העדר ההתקדמות בנושא פגע ביכולתו של פרויקט המטרונית להשיג את מטרתו באופן מלא, אף שהושקעו בו 1.6 מיליארד שקל. רק בסוף 2017 אישר זמנית משרד התחבורה את השימוש בתוכנות מתקדמות יותר לתכנון העדפה ברמזורים.

בשנים 2016 ו-2017, לא תיקפו 46%-42% מנוסעי המטרונית את נסיעתם לפני עלייתם למטרונית, ובהם אנשים הנמנעים מתשלום. מאחר שמרבית הגבייה של הזכיין מועברת למדינה, היקף כה גדול של אי-תשלום גרם למדינה הפסד של עשרות מיליוני שקלים בהכנסותיה בשנים 2017-2014.

חברת יפה נוף ומשרד התחבורה לא עמדו בתאריכי התכנון לסיום הפרויקט, והם החלו בהפעלה חלקית של המטרונית בלי שהפעילו באופן מלא את קווי האוטובוס המהיר כמתוכנן. במועד סיום הביקורת טרם הסתיימה הקמת קטע מסלול התחבורה הציבורית בציר העמקים ביאליק בקריית אתא, והקמתו הושלמה באיחור - יותר מארבע שנים לאחר השקת המטרונית.

עיריית חיפה, חברת יפה נוף ומשרד התחבורה לא דאגו להתאמה מספקת בין התח"צ בחיפה לבין התשתית הטופוגרפית המיוחדת של העיר, ולפיכך שירות התח"צ אינו מביא בחשבון את השיפועים התלולים, את הצורך לעלות במדרגות רבות, ואת העובדה שחלק מהנוסעים הם בעלי מוגבלות, אנשים מבוגרים, והורים עם ילדים קטנים הנדרשים להתנייד עם עגלות. כל אלה מקשים על תושבים להשתמש בשירותי התח"צ. הבעיה חמורה במיוחד בשכונות בעלות מעמד סוציו-אקונומי נמוך, כמו שכונות מזרח העיר, שבהן שיעור התושבים בעלי כלי רכב פרטיים הוא קטן יחסית.

תכנון פרויקט הרכבת הקלה חיפה-נצרת החל ב-2005; הפרויקט הוכרז כתוכנית תשתית לאומית ב-2011; תקציבו אושר בממשלה באוגוסט 2016; רק באפריל 2018 העביר משרד התחבורה את הפרויקט לאישור הממשלה. במועד סיום הביקורת, 13 שנה מיום תחילת תכנון הפרויקט, הוא טרם אושר סופית בממשלה, וממילא לא החלו בביצועו. שש שנים מתוך העיכוב נגרמו בשל מחלוקות בין משרד התחבורה לבין עיריית קריית אתא. הפרויקט, הראשון מסוגו בישראל, הועבר בידי משרד התחבורה מיפה נוף לחברת חוצה ישראל - בלא בדיקה מעמיקה.

תכנון פרויקט הרכבל מתחנה מרכזית המפרץ לאוניברסיטת חיפה החל בשנת 1993 על-ידי יפה נוף כפרויקט תיירותי; בשנת 1999 הכיר משרד התחבורה בפרויקט כפרויקט תחבורתי, ובשנים 2009-2008 אישר את השתתפותו במימון הפרויקט, בסכום של 130 מיליון שקל. בשנת 2014 קבע מנהל הרשות הארצית לתחבורה ציבורית, כי פרויקט הרכבל הוא חלק ממכלול התחבורה השלם של חיפה, ולפיכך יש להגדירו כפרויקט תח"צ. התהליכים לקידום פרויקט הרכבל יותר נמשכו משני עשורים, ועד מועד סיום הביקורת לא החלו העבודות להקמתו.

בשנת 2012 החלה רכבת ישראל בקידום בחינת החלופות לתוואי הרכבת באזור חיפה, כחלק מפרויקט הכפלת מסילת החוף. החשיבות הגבוהה של הפרויקט לפיתוח התחבורה הציבורית במטרופולין ובעיר חיפה בפרט, ולפיתוח הרשת הרכבתית הארצית בכלל, חייבה את ביצועו המהיר. למרות זאת, רק במארס 2018 פורסמה התוכנית לציבור. לעיכובים בפרויקט זה, מלבד ההפסד התועלתי למשתמשי התחבורה הציבורית, שנועד לפתור כשלים הקיימים במערכת התחבורתית, יש מחיר כלכלי כבד.

בפרויקט הכפלת המסילות לא בוצעו בדיקות כדאיות כלכלית לחלופות שנבחנו. הנתונים שעל בסיסם התקבלה ההחלטה אם לאשר או לדחות את החלופות נבחנו בראייה הנדסית, סביבתית ואורבנית של תוואי המסילות בלבד, ולא בבדיקה כלכלית מעמיקה של העלות והתועלת הגלומות בחלופות.