צוות באוצר הוקם לפני כשנתיים לבדיקת קשרי קק"ל והמדינה - אך הוא לא התכנס עד היום - כך נחשף (יום ב', 23.1.17) בוועדה לביקורת המדינה בכנסת, שדנה בדוח המיוחד של
מבקר המדינה על התנהלות הקרן-הקיימת.
לדברי יו"ר הוועדה, ח"כ
קארין אלהרר "הדוח מכעיס ומקומם, כי על-פיו קק"ל השתמשה לרעה בסמכותה, אך גם המדינה כשלה בפיקוח עליה. היו כפילויות ובזבוז כספי ציבור, מיזמים רבים מומנו עם חשד ל
ניגוד עניינים, סדר עדיפויות ותבחינים שקבעה הממשלה נזנחו - וקק"ל פעלה לפי סדרי עדיפויות ותבחינים שונים, או ללא תבחינים כלל".
ח"כ
איתן ברושי (
המחנה הציוני) הדגיש את "פעילות קק"ל לשמירת קרקעות הלאום. מדינה שהתפרקה מחלק מהערכים - מבקשת כעת לפרק חלק מהכלים של ערכים אלו", וקרא לשימוש בכספי קק"ל לשיקום תשתיות בהתיישבות כפי שהתחייבה בעבר הממשלה.
דני עטר, יו"ר קק"ל, השיב כי דוח המבקר אומץ במלואו ע"י הארגון, ורוב הליקויים כבר תוקנו או בהליכי-תיקון, "נחזק את שומרי-הסף, בארגון, הפרוטוקולים כולם מפורסמים ברשת, וכן התקציב לפרטיו, הנהלים, המיזמים ותוכניות העבודה. את העודפים הכספיים נחזיר לציבור ע"י פעילות, והתחלנו בקריאה לציבור להציע מיזמים שנהיה שותפים בו".
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, הוסיף את חשיבות הביקורת על גוף כה-מרכזי בפעילות בארץ, "וחיונית הרחבת הפיקוח במלואה של המבקר על הקרן הקיימת". יובל חיו, מנהל חטיבה במשרדו ציין את "מערכת היחסים הקלוקלת בין הדרג המקצועי בקק"ל - לדרג הנבחר, שעסק גם הוא בניהול השוטף של הארגון".
לדברי איתן פישמן, מהחטיבה להתיישבות במשרד הביטחון, קק"ל הייתה שותפה שבמשך שנים רבות לתכנון ופיתוח ישובים קיימים והקמת חדשים, דניאל מלצר מאגף התקציבים באוצר הוסיף כי הוקם צוות לבדיקת הוראות "האמנה" שנחתם מחדש בין קק"ל למדינה, אך הוא לא התכנס עד כה. לדבריו, בשנת 2016 הועברו מקק"ל מיליארד שקלים למיזמי סביבה שונים, ומיליארד ₪ נוסף יועבר בשנת 2017.
המנכ"ל היוצא של קק"ל, מאיר שפיגלר, הוסיף כי במשך שנים הדרג הנבחר היה מעורב עמוקות בניהול השוטף, למיזמים, לתקצוב ולניהול הביצוע, למרות התרעותיו ואזהרותיו, וכי הוא-עצמו קרא להחלת ביקורת מלאה של מבקר המדינה על הארגון בחוק, וקבע נהלים חדשים וברורים.