שר הביטחון התייחס הערב (ה', 30.8.06) לתיפקודו בזמן מלחמת לבנון השנייה ואמר, כי הוא יהיה מוכן לעמוד בפני כל ועדת חקירה לבדיקת התנהלותו במלחמה. פרץ מתח ביקורת מרומזת על קודמו בתפקיד, שאול מופז, ואמר: "דבר אחד אני יכול לומר בצורה הברורה ביותר: למרות חוסר ניסיוני, התמודדתי בנחרצות מול המצב הקשה שהשאירו לי בעלי הניסיון", אמר בטקס הענקת פרס מפקד גלי צה"ל בבית חיל האוויר בהרצליה.
"גם הדרג המדיני צריך להיבדק, ללא משוא פנים, על החלטותיו ושיקוליו. גם אני מוכן להיבדק. אני רוצה להיבדק; אני מבקש להיבדק", אמר פרץ.
פרץ הוסיף כי הוא שוקל בכובד ראש לתמוך בהקמת ועדת חקירה ממלכתית. "על דבר אחד אני מתחייב: אעמוד על כך שתהיה אמת מידה אחת לכולם גם לדרג המדיני וגם לדרג הצבאי", דברי שר הביטחון בטקס.
השר דיבר גם על דוח העוני שהתפרסם, ואמר שעל ממשלת ישראל לחזק בעיקר את אוכלוסיית הקשישים והנכים. "יש לטפל בממצאים, לצד שיקום מערכת הביטחון", אמר פרץ.
מוקדם יותר התקיימה פגישה קשה בין ראש הממשלה אולמרט לשר הביטחון פרץ. למרות שבסיום הפגישה יצאו חבוקים, מפאת האינטרס המשותף לייצוב הקואליציה, אומרים מקורביהם, הפגישה בין השניים היתה לא קלה.
פרץ תומך בהקמת ועדת הבדיקה הממשלתית שמנסה אולמרט להעביר - "ועדת אדמוני", אך מתלבט אם לא מוטב לתמוך בוועדת חקירה ממלכתית, ובכך להציג, כביכול, שכל הקלפים פתוחים ושאין לו מה להסתיר.