מבקר משרד האוצר לא ערך מעולם ביקורת-פנים ברשות החברות הממשלתיות. כך התברר בדיון שקיימה (יום ג', 28.5.13) הוועדה לביקורת המדינה על הפרק בדוח
מבקר המדינה שעסק ברשות.
מהדוח עולה כי הרשות לא ערכה סקר ניהול סיכונים על תהליכי העבודה בה, אין בה קוד אתי, החלטות בנושאים מקצועיים וחשובים הגיעו לשר האוצר בלי שהתקיימו דיונים בדרגים המקצועיים ברשות ובלי שהיא גיבשה את עמדתה. כמו-כן נפלו פגמים במכרזים, עלה חשש ל
ניגוד עניינים, חברות ממשלתיות לא נדרשו להגיש דוחות כספיים בזמן, ולמרות שמבקר המדינה פנה בעבר כמה פעמים לרשות להנחות את החברות הממשלתיות לבדוק טרם קבלת מועמד למשרה בכירה אם התקיימו נגדו הליכים פליליים או משמעתיים - עד היום הרשות לא עשתה כן. גם חלק מהיועצים המשפטיים בחברות הממשלתיות, ממשיכים להיות מועסקים תקופות ארוכות מדי, בניגוד להוראות.
יו"ר הוועדה, ח"כ
אמנון כהן (שס) אמר כי לדוח חומרה יתרה מאחר שזו רשות ממשלתית - שתפקידה, מטרתה וכל מהותה הוא להיות שומר-הסף של הכפופים לה. "הרשות נמצאת כיום בשפל המדרגה, ומתקנת ליקויים רק בשוליים. ראש הממשלה חייב למנות מנהל קבוע בהקדם, ולא להסתפק בממלא-מקום. רשות החברות הממשלתיות חייבת להיות עצמאית ולא כיחידת-סמך במשרד האוצר. אני מתבייש בדוח שכזה, אם הגוף המפקח נראה כך כיצד הוא יוכל לדרוש זאת מהכפופים לו".
ח"כ באסל גאטס (בל"ד) ביקש מהמבקר דוח דומה על החברות הכלכליות ברשויות המקומיות, ובפרט על מימוש החוק לייצוג הולם של עובדים ערביים באותן חברות. גאטס הביע תמיהה שחברה ממשלתית מימנה מכספי הציבור מודעת-ענק בעיתונות על ברכה לראש הממשלה.
רוני פרידמן, ממלא-מקום מנהל הרשות, השיב כי בחודשים האחרונים הם פועלים לתיקון הערות מבקר המדינה, והרשות בעיצומה של רפורמה ארגונית חדשה. לילי אילון, סגנית מנהל הרשות הוסיפה כי "כיום, כסנקציה אנו יכולים רק להפסיק את כהונת הדירקטורים, אך מעולם לא היו לחץ פוליטי בעניין". לדבריה, בעבר לא הייתה למנהל בחברה ממשלתית סמכות לברר על עבר פלילי או משמעתי של מועמד, אך הדבר תוקן וכיום - יש סמכות כזאת. אילון הודתה כי "אנו עושים ביקורת-עומק בחברות בהן יש לנו חשדות, אך מסתמכים לא מעט על מבקר הפנים ואם הוא חותם בלי בדיקה אמתית - לעולם לא נוכל לגלות זאת".
ח"כ
אורית סטרוק (הבית היהודי) הזהירה כי יש היבטים פלילים בממצאי המבקר כמו ניגוד עניינים, והיא מצפה שבמקרים כאלו - על המדינה בעצמה להגיש תלונה במשטרה. ח"כ
מיקי רוזנטל (העבודה) שאל כמה זמן לוקח לרשות לבדוק בעיות שהמבקר הצביע עליהן כבר בשנת 2009. "יש פה מחדל אמיתי של בזבוז כספי ציבור, שהיקפו נחשף יותר ויותר".
רוזנטל הציג את חיים פישר, ממונה חשבונאות והערכת חברות ברשות החברות, העובד ברשות כ-30 שנה. פישר טען כי "הרשות נמצאת באחד מרגעי השפל החמורים שלה". לדבריו, רואה החשבון בחברת החשמל חשף דוחות כספיים לא נכונים בהיקף של 9 מיליארד ש"ח, שכתוצאה מהם הועלו תעריפי החשמל. כיום ביהמ"ש המחוזי בתל אביב פסק שעל חברת החשמל להחזיר לצרכנים 11-9 מיליארד ש"ח".
בעקבות הדיון, פנה יו"ר הוועדה לראש הממשלה
בנימין נתניהו בקריאה לחזק את רשות החברות שהיא רגולטור לכל החברות הממשלתיות, ולשקול להכפיף אותה למשרד ראש הממשלה". בנוסף, דרש כהן מנתניהו למנות לאלתר ועדה מייעצת שתמנה דירקטורים חסרים בכל החברות הממשלתיות. הוא אף פנה לשר האוצר
יאיר לפיד וביקש את תגובתו להעדר הביקורת של משרדו על רשות החברות, ואף דרש ממנו למנות לרשות בהקדם יועץ-משפטי.