חופש אקדמי אינו מעניק למוסד אקדמי פטור ממילוי חובות יסוד ביחסיו עם עובדיו - מבהיר (9.6.16) סגן נשיאת בית הדין האיזורי לעבודה בבאר שבע,
אילן סופר.
סופר מתייחס לחוק המועצה להשכלה גבוהה, הקובע: "מוסד מוכר הוא בן-חורין לכלכל את ענייניו האקדמיים והמינהליים, במסגרת תקציבו, כטוב בעיניו. בסעיף זה, 'עניינים אקדמיים ומינהליים' - לרבות קביעת תוכניות מחקר והוראה, מינוי רשויות המוסד, מינוי מורים והעלאתם בדרגה, קביעת שיטת הוראה ולימוד, וכל פעולה מדעית, חינוכית או משקית אחרת".
על כך אומר סופר: "הוראה זו אינה פוטרת מוסד אקדמי מתחולתם של עקרונות יסוד מחייבים כמו שוויון, הימנעות מאפליה, תום לב, הגינות, סבירות שקילת שיקולים ענייניים, תוך הקפדה על חובת גילוי והנמקה".
סופר קיבל חלקית את תביעתו של ד"ר אילן ביג'אוי נגד המכללה האקדמית אשקלון, בה הועסק, וקבע שהמכללה פגעה בצורה לקויה בהיקף משרתו, וכי רוב הנימוקים האקדמיים שנתנה לכך לא עמדו במבחן המציאות. לצד זאת, דחה סופר את תביעתו של ביג'אוי לפיצוי על לשון הרע, בקובעו שחוות דעתה של המכללה עליו הייתה הבעת דעת לגיטימית.
המכללה חויבה לפצות את ביג'אוי ב-50,000 שקל על הפרת חוזה וב-121,000 שקל על פגיעה בזכות השימוע, וכן לשלם לו הוצאות בסך 15,000 שקל. נציג הציבור
יהודה גנץ-אנשטיל הסכים עם סופר. את ביג'אוי ייצג עו"ד שמעון בן-נעים, ואת המכללה - עוה"ד יעקב ביטון ואליעזר רפלד.